Hz. Ali, Haricilere, tevbe edip isyandan vazgeçmelerini söyledi. Onlar kabul etmeyip ok atmaya başladılar. Hz. Ali, ordusuna, "Sabır, sabır, biraz dayanın" dedi. Tekrar onlara öğüt verdi, dinlemediler. Üçüncü defa öğüt verdi. Gene dinlemediler. Bu sırada Hz. Ali'nin ordusundan bir ere ok isabet etti, kanlar içinde yere serilip şehid oldu.
Hz. Ali, bunu görünce tekbir getirip, "şimdi onlarla savaş helal oldu, hücum edin" diye bağırdı. Ordu ilerledi, saflar birbirine girdi.
Haricilerden biri, Hz. Ali'nin ordusuna saldırıp, "Onları vurmaktayım fakat bir de Ali'yi görsem de onu da öldürsem" diye bağırıd. Hz. Ali bunu duyunca, "Ey Ali'yi arayan, ben seni bilgisiz bir kötü kişi olarak görmekteyim. Onunla savaşmak istiyorsan gel, savaş, işte burdayım" mealinde bir recez okudu ve hücum edip onu öldürdü.
Bir başkası çıktı, "Ebu'l-Hasan'ı görseydim, kılıcımla bir vuruşta işini bitirirdim" mealinde bir recez okuyup üstüne yürüdü. Hz. Ali, "Ey Ebu'l-Hasan'ı arayan, isteyen, görürsün, kim can verir" recezini okuyup hücum etti, mızrağını sapladı. Herif yere yıkıldı. Hz. Ali, mızrağını çekmedi, öylece yürüdü ve "Gördün Ebu'l-Hasan'ı, gördün görmek istemediğin şeyi" dedi.
Hz. Ali, ordusuna, "Sizden on kişi bile şehid düşmez, onlardan da on kişi bile kurtulmaz" demişti. Gerçekten de bu savaşta Hz. Ali'nin ordusundan dokuz kişi şehid düştü. Haricilerden de ancak sekiz kişi kurtuldu.
Bilgisizliğin, kara kuvvetin, yobazlığın, kör taassubun timsali olan Hariciler, savaşta, Cennete yürüyüş, cennete gidiş diye bağırışıyorlar, kılıçların, mızrakların üstüne atılıyorlardı.
Savaş bitince Hz. Ali, Haricilerin ölüleri arasında, "memeli" anlamına gelen "Zü's-Sedye" lakabıyla anılan Haricinin bulunmasını emretti. Bunun sebebi de, Hz. Muhammed'in (s.a.a.), Hz. Ali'ye Haricileri anlatmış olması ve "Onların delili, içlerinde kara yüzlü, bir eli kadın memesi gibi topak bir adamın bulunmasıdır, onlar halkın en kötüleridir" buyurmasıydı. Ölüler, arasında bu adam bulundu. Bir eli, kadın memesi gibi, omuzundan itibaren şişti, üstünde kedi tüyleri gibi siyah kıllar vardı. Eli çekilince öbür elinden daha uzun oluyor, bırakılınca çekilip toplanırdı. Hz. Ali, bunu görünce "Vallahi, ne yalan söyledim, ne yalanladım" buyurdu. Sonra yüksek sesle tekbir getirdi. Halk da onunla beraber tekbir getirdi. Sonra secdeye vardı, şükretti. 
Hz. Ali'ye, "Hariciler tamamıyla katledildi" dediler. Hz. Ali, "Hayır, vallahi onlar, erlerin bellerinde, kadınların rahimlerindedir. Yüz yıllar boyunca zuhur ederler, sonunda onlar, halkı soyan, hırsızlık eden bir topluluk olarak belirecekler" buyurdu.
Hz. Ali, bu savaşta elde edilen silah ve hayvanları, maiyetinde bulunanlara dağıttı, mallarla kadınları, sahiplerine, ehillerine gönderdi, yaralıları Kûfe'ye götürüp orada tedavi edilmelerini, sonra bırakılmalarını emretti.
Dört yüz er esir düşmüştü. Onları da aşiretlerine yolladı. Yanındakilere, "Benden sonra Haricilerle savaşmayın çünkü gerçeği dileyip yanlış yol tutan, bâtılı elde edene benzemezler" dedi. (Fadaü'ül-Hamse, c.2, s.400). 
Hz. Ali, Nehrevan savaşından sonra bir hutbe okuyup Allah'a hamd etti, sonra buyurdu ki: "Gerçekten de Allah size ihsanda bulundu, yardım etti de üst oldunuz. Hemen Şam'daki düşmanınızın üstüne yürüyün."
Bu sözleri duyanlar, "Ey Mü'minlerin Emiri; oklarımız bitti, kılıçlarımız gedildi, mızraklarımız körleşti, yaylarımız kırıldı, beraberce şehrimize dönelim de hazırlık görelim, daha büyük bir topluluk halinde harekete geçelim" dediler.
Kays oğlu Eş'as da aynı fikri güttü, bu çeşit sözler söyledi. Bunun üzerine Hz. Ali, Nuhayle'ye döndü. Orada, "Ordugâhınızı kurun, savaşa hazırlanın. Çoluğunuzu-çocuğunuzu ziyaretten sonra burada toplanın" dedi.
Nuhayle'de birkaç gün kaldılar. Fakat her gün, Kûfe'ye gidenler, bir daha gelmemekteydi. Böyle böyle, ordugâhta Hz. Ali'nin yakın adamları kaldı ancak.
Hz. Ali, bunu görünce, Kûfe'ye gitti. Defalarca hutbeler okudu. "Ey insanlar, düşmanınızın üstüne yürüyün. Allah'a dayanın, yardımcı olarak o yeter size" dedi. Fakat halk, pek yavaş davranmadaydı.