Gelir İdaresi Başkanlığı bünyesinde faaliyet gösteren Gelirler Kontrolörleri, denetim programı kapsamında vakıf ve dernekleri de büyüteç altına aldı. Vakıf denetimi, Merkez Bankası Vakfı nezdinde gerçekleşti. Gelirler Kontrolörleri, Yardım Sandığı şeklinde kurulan Merkez Bankası Vakfının 2002 ve 2003 yılı hesaplarıyla, faaliyetlerini inceledi. Bu inceleme sırasında, söz konusu Vakfın, ticari kazanç elde eden bir fon işletmesi haline dönüştüğü tespitinde bulunuldu. Merkez Bankası Vakfının fon alıp, sattığı, sigorta işlemleri yaptığı, ticari kazanç sağlanan bu işlemler için de Vakfın kurumlar vergisinden muaf olduğu iddiasıyla tek bir kuruş gelir beyan etmediği vurgulandı.
362 milyon TL ceza kesildiGelirler Kontrolörlerinin düzenlediği raporlarda, sadece 2002 ve 2003 yıllarında Vakıfta 2,5 milyar liraya yakın bir gelirin devletten kaçırıldığı yer aldı. Ancak, gelir vergisi ve mahsup işlemleri sonucu net tutarın 1 milyar 881 lira olduğu belirtildi. Bu çerçevede, Merkez Bankası Vakfına 362 milyon 194 bin 377 lira vergi tahakkuk ettirildi. Vakfa vergi kaçırdığı için de ayrıca 362 milyon 195 bin 807 lira ceza uygulandı. Öte yandan Merkez Bankası Vakfına çıkarılan yüklü vergi borcu ve cezanın ardından Gelirler Kontrolörleri, söz konusu kuruluşun 2004 ve sonraki döneminin de incelenmesini kararlaştırdı. Yetkililer, yapılan ön incelemede, 2004 ve takip eden yıllarda da Vakfın ticari kazanç elde edilen fon ve sigorta işletmesi şeklindeki faaliyetlerinin sürdüğünün anlaşıldığını, bu kapsamda Vakfa bu yıllar için de yüklü bir vergi ve ceza çıkarılmasının beklendiğini söylediler.