Sayıları gittikçe çoğalan ve öğrencilerinden aldıkları 5 ile 15 bin dolar arasında değişen ücretlerle dikkat çeken özel üniversitelerin, bilim fakiri olduğu ortaya çıktı. Türkiye'deki 24 vakıf üniversitesi 2004 yılında toplam 1009 bilimsel yayını uluslar arası bilimsel atıf endekslerine sokabilirken, sadece İstanbul Üniversitesi'nin 2004 yılında toplam 1029 bilimsel yayını endekslerde yer aldı.Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından yayınlanan "2004 Yılında Tüm Üniversitelerde SCI+SSCI+AHCI'te Yayımlanan Yayınlara Göre Yayın Sayısı Sıralaması" üzerinde yaptığı değerlendirmeye göre, Türkiye'deki 53'ü devlet, 24'ü özel olmak üzere toplam 77 yükseköğretim kurumunda 14 bin 387 adet uluslar arası bilimsel atıf endekslerine giren yayın üretildi. Bunlardan 13 bin 387'si devlet, 1009'u ise vakıf üniversitelerinin öğretim üyeleri tarafından yazıldı.Bir devlet üniversitesi 24 özele bedelUluslar arası bilimsel endekslerdeki yayınlara üniversiteler açısından bakıldığında en ilk sıralarda devlet üniversiteleri yer alırken, son sıralarda vakıf üniversiteleri bulunuyor. Sıralamanın en tepesine 1029 yayınla İstanbul Üniversitesi yerleşti. İstanbul Üniversitesi böylelikle 24 vakıf üniversitesinin uluslar arası bilimsel atıf endekslerine soktuğu 1009 yayından fazla yayın üretti. İstanbul Üniversitesi'ni 960 yayınıyla Hacettepe, üçüncü olarak da 771 yayın ile Ankara Üniversitesi izledi.Vakıf üniversiteleri sonlardaÖzel üniversiteler açısından hüsran tablosu olan sıralamaya göre, Türkiye'de uluslar arası bilimsel endekslere en az yayın sokan 26 üniversiteden 21'i özel üniversite. Üniversiteye kayıtlar döneminde öğrencilerden aldıkları 5 ile 15 bin dolar arasında değişen ücretlerle dikkatleri çeken vakıf üniversiteleri arasında tek bir tane bilimsel yayın üretemeyenleri de var.Yeni üniversitelerden Yaşar, Okan ve İzmir Ekonomi üniversiteleri 2004 yılında endekslere yayın sokamadı. Türkiye'nin bilimsel yayın açısından en başarısız 26 üniversitesi arasında Niğde, Muğla, Galatasaray ve Mimar Sinan gibi devlet üniversiteleri de bulunurken, geriye kalan ve hepsi özel olan 21 üniversite, endekslere giren yayın sayılarıyla şöyle:"Sabancı Üni. (64), Fatih Üni. (54), Yeditepe Üni.(), Atılım Üni. (52), Çankaya Üni. (27), Maltepe Üni.(21), Doğuş Üni. (18), Kadir Has Üni. (17), Işık Üni. (16), İstanbul Bilgi Üni. (12), Bahçeşehir Üni. (9), İstanbul Kültür Üni. (8), Beykent Üni. (7), TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üni. (5), Haliç Üni. (3), İstanbul Ticaret Üni. (2), Çağ Üni. (1), Ufuk Üni. (1), İzmir Ekonomi Üni. (0), Okan Üni.(0), Yaşar Üni. (0)."