2004 yılına ilişkin YÖK ve üniversitelerin genel bütçeleri belirlendi. Hükümet YÖK'ün bütçesini bir önceki yıla oranla yüzde 57 oranında artırdı. 59. Cumhuriyet Hükümeti'nin YÖK Yasa Tasarısı nedeniyle gerginlik yaşadığı kesimlerden biri olan yükseköğretim kurumlarının ortalama bütçeleri, 2003 yılına göre 'binde 1' oranında arttı. Yükseköğretim kurumlarının 2003'te genel bütçe içinden yüzde 2.3 oranında pay almıştı. Bu pay 2004 yılında 'binde 1' artışla yüzde 2.4 oranına yükselmiş oldu.

YÖK ve üniversiteler, 2004 yılı için 160 katrilyon 938 trilyonluk genel bütçe içinden 3 katrilyon 924 trilyon ayrıldı. Söz konusu payın genel bütçe içinde oranı yüzde 2.4 olarak gerçekleşti. 2003 yılı için yükseköğretime ayrılan 3 katrilyon 408 trilyon 608 milyar liralık bütçe, 2004 yılı bütçesinde 515 trilyon 662 milyar lira artışla 3 katrilyon 924 trilyon 270 milyara çıkarılmış oldu. Hükümet, yükseköğretim alanı içinde en fazla artışı YÖK'ün bütçesinde yaptı. Geçen yıl 9 trilyon 301 milyar lira olan YÖK'ün bütçesi, 2004 yılı için 53 trilyon 876 olarak belirledi ve 2003 yılına göre yüzde 57 oranında artış sağlanmış oldu. Ancak yükseköğretim kurumlarının beklentileri, son düzenlemelerin yapıldığı 2004 yılı bütçesinde yine tam anlamıyla gerçekleşemedi.