Bu dönem Emevi idaresinin yıkılıp, Abbasi Devleti'nin kurulma yıllarına denk geliyordu. İslam dünyasının dört bir yanından insanlar bu merkezden istifade etmek için akın etmişlerdir. İmam Ca'fer-i Sâdık'ın mektebi Ehl-i Beyt Ekolü'nün temelini oluşturmuştur.İmam Ca'fer'in medresesinin en önemli özelliklerinden biri, herkese açık olmasıydı. Burası her zaman farklı görüşteki ve anlayıştaki öğrencilere açık olmuştur. Örneğin Ebu Hanife, bambaşka bir anlayışa sahip olmasına rağmen İmam Ca'fer'e gidip geliyor, kendisine sorular soruyor, ondan pek çok hadis rivayet ediyordu. (Hayatu'l İmam Bâkır, c. 1, s. 75).Bu dönem İslam dünyasına felsefî ve kelamî birçok yabancı düşünce ve akımın hızla nüfuz ettiği bir dönemdi. Eğer İmam Sâdık'ın ilmî hareketi olmasaydı, dinin hakikati ciddi şekilde tahrif olabilirdi. Böyle kritik bir ortamda Ca'fer-i Sâdık, yetiştirdiği öğrencileri islam ülkesinin dört bir yanına göndermek sûretiyle bu tahribatın önüne geçmiştir. Bu öğrencilerin sayısı dört bin civarındaydı. (Cehardek Ahter-i Tabnak, s. 158).Bu medrese aynı zamanda İslamî ve insanî ilimlerin pek çok alanına da açıktı. Kuran, Sünnet, fıkıh, tarih, hukuk, akide, kelam gibi konular işlendiği gibi, tıp, zooloji, botanik, kimya ve fizik gibi bilimlere de önem verilirdi.İmam Ca'fer Medresesi, Emevi veya Abbasi yönetimine bağlı olmadı. Her iki rejimin de siyaseti ile kirlenmedi. Devlete hizmet aracı haline gelmedi. Bu medrese hakikat peşinde olanların, o dönemin sapık fikir akımlarından kurtulmak isteyenlerin, düşünce boşluğu içinde olanların sığındıkları bir kale vazifesi görüyordu. (A'lam'ul Hidaye, s. 151).İmam Ca'fer, ilmî çalışmalarında başlıca iki hedef gütmekteydi: 1- İmam kendi döneminde yaygın olan, daha önce de ifade ettiğimiz tevhide aykırı inançlara karşı İslam'ın tevhid inancını korumak için mücadele vermiştir. Bu sebeple, tevhid konusundaki en cüz'i meseleleri bile açıklığa kavuşturmuş, böylece insanların kafasında hiçbir şüpheye yer kalmamasını hedeflemiştir. Hişam b. Hakem gibi öğrencilerini İslam'ın tevhid inancını Cebir ve Tevfiz gibi sapkın düşünce akımlarına karşı savunabilsinler diye, kelam ve felsefe konusunda uzmanlaştırmış, münazara ve tartışma adabını onlara öğretmiştir. İmam Deysanî ve İbn-i Evca gibi inkârcılarla fikrî mücadele yaparken, diğer yandan da, Ehl-i Beyt'e ilahlık sıfatlarını yakıştıran Gulat inancının takipçileriyle de uğraşıyordu. 2- İmam Sâdık'ın ikinci hedefi İslam dinini yaymak ve İslam'ı hakikatiyle ortaya koymaktı. Bu sebeple pek çok hadis rivayet etmiş, birçok fıkhî hüküm ortaya koymuştur. Öyle ki, ondan nakledildiği kadar hadis başka hiçbir Ehl-i Beyt İmamından nakledilmemiştir. Yine bu sebeple, onun hüküm ve ifadeleri Ehl-i Beyt mektebinin temelini oluşturmuştur.