İmam Sâdık yaşadığı dönemde mücadelesini fikrî ve dinî alanda yürüttü. "Gadir Hadisi" başta olmak üzere, ümmetin idareciliğinin Ehl-i Beyt İmamlarının hakkı olduğu gerçeğini önemle vurguladı. Mevcut halifelerin dinî ilimler konusunda cahil oluşlarını da idareciliğe layık olmadıklarının bir delili olarak gösterdi.Bu dönemde Kur'an tefsiri, hadis rivayeti konuları büyük önem arzediyordu. İmam, kendi medresesinde bu konularda İslam ümmetini yetiştirirken, diğer bölgelerde de pek çok dinî konuda özellikle de fıkıh ve hadis konularında önemli gelişmeler yaşanmaktaydı. Medine, Basra ve Kûfe gibi merkezlerde "fakihler" denen bir grup oluşmuştu. Bunlar halkın fıkhî meselelerdeki sorularına cevap veriyorlardı. İslam şehirlerinin adeta her biri bu konuda bir merkezdi. İnsanlar falan fakihin görüşü budur, falancanın ki şudur demeye başladılar. Mesela, Rey Ekolü'nün temsilcisi sayılan Ebu Hanife Kûfe'de bu işle uğraşıyordu. Ancak, bilindiği gibi İmam Ca'fer, kıyas ve rey (kişisel görüş beyan etmek) konusuna kesinlikle karşıydı. Ebu Hanife'yle olan konuşmalarını nakletmiştik. Kelam konuları ise ayrı bir tartışma sahası oluşturuyordu. Bu işle uğraşan "mütekellim" olarak adlandırılan kimseler, -ki İmam da zaman zaman bunlar hakkında aynı ifadeyi kullanıyordu- Allah, Allah'ın sıfatları, Kur'an-ı Kerim'in Allah'ın zâtı ile ilgili ayetleri üzerinde tartışıyor, nübüvvet ve vahiy konusunda konuşuyorlardı.Diğer bir grup ise Zındıklar yani inkârcılardı ki, bunlar daha tehlikeli idiler. Allah'ı ve dini inkâr ediyorlardı. Mekke'de, Medine'de bile hatta Kâbe'de ve Mescid-i Nebî'de oturup fikirlerini beyan ediyorlardı. Bunlar o dönemin tahsilli tabakası idiler. Bazıları Süryanice, Farsça, hatta Hintçe biliyorlardı. Fikirlerini her ortamda dile getiriyor ve bunu doğal kabul ediyorlardı.İmam Ca'fer'in sık sık huzuruna gelen İbn-i Ebi'l Evca, dönemin Zındıklarındandı. Bir gün İmam'ın yanına girerek şöyle dedi: "Ey Resulûllah'ın evladı! Sen şöylesin, sen böylesin (yani imamı övdü) fakat özür dilerim ama insanın öksürmesi gelince öksürmeli, balgam boğazını tutunca öksürmelidir. İnsanın zihnine bir düşünce gelince de söylemelidir. Ben de düşünce öksürüğümü yapmalıyım. Müsaade edin ben de sözlerimi söyleyeyim."İmam, "Söyle" buyurdu. İmam Ca'fer, bütün bu düşünce karışıklığı ve din dışı akımlarla mücadele etmiştir. Ve bu yolda mücadele edecek insanlar yetiştirmiştir. Her zaman ve her zeminde kelamcıların yanlış fikirleri ile olsun, Zındıkların inkârcılıkları ile olsun mücadele etmiş, "neden böyle yapıyorlar, neden böyle söylüyorlar" diyerek bu grupların, Müslümanları yanlışa sürüklemelerinin önüne geçmek istemiştir. Öte yandan, hadis rivayetleri konusunda ise gördüğü yanlışları söylemekten geri kalmamış, "bunların söyledikleri doğru değil, doğru olan bizim babalarımız kanalıyla Resulûllah'tan rivayet ettiğimiz şeylerdir" demiştir.Bu sebepledir ki, her konuda ve özellikle de fıkıh konusunda en güçlü mektep İmam Ca'fer'in mektebi olmuştur. Ebu Hanife, Mâlik b. Enes, Ehl-i Sünnet'in tanınmış âlimleri bu mektepten ders almışlardır. Bu konuyu ayrıntılı olarak yazdığımız için burada tekrar etmeye gerek yoktur.Özetleyecek olursak, İmam Ca'fer, dedelerinden aldığı ilim mirasını korumuş ve ihya etmiştir. Ümmetin yetişmesinde, dönemin fikrî bulanıklığı içinde yanlışa düşmelerine engel olma yolunda büyük çaba göstermiştir. Bunu yaparken de gerek Emevilere, gerekse Abbasilere karşı tarafsız ve mesafeli bir siyaset takip etmiş, hiçbir fitneye alet olmadan kurduğu ilim mektebinde insan yetiştirmiştir. Ancak, mevcut hükümeti hiçbir zaman desteklememiş, onların yanında yer almadığını her fırsatta dile getirmiş, talebelerini de bu bilinçle yönlendirmiştir.Halife Mansur şunları söyler: "Onun seçmiş olduğu bu tarafsız tutumun bizim aleyhimize olduğunu gerçekten biliyorum; zaten bu mektepte yetişenlerin hepsi bize karşıdır, fakat onun aleyhine bir belge de bulamıyorum."İmam Ca'fer kurduğu ilmî medreseye büyük hassasiyet göstermiş burda maddî ve manevî bakımdan örnek şahsiyetler yetişmiştir.