Doğruluktan ve mürüvvetten uzak bir asker, Muhammed Bâki-billah'ın komşularından birine eziyet ediyordu. Muhammed Bâki-billah Hazretleri, bu zulmü görerek, rahat edemeyip, askere nasîhat etti. Fakat o zâlim asker, nasîhatlerini kabûl etmedi. Bâkî-billah, mazluma merhametinin çokluğundan, o zâlime şöyle dedi: "Merhameti gibi gayreti de çok olan büyük velilerin komşularına yaptığınız bu iş sizi helâk eder. Haberiniz olsun!" İki, üç gün sonra o zâlim askeri açıkça hırsızlık yapma suçundan yakaladılar ve öldürdüler.

Muhammed Bâki-billah Hazretleri çok tevâzu gösterir ve inkisar, kırıklık içinde hâllerini hep kusurlu görürdü. Bu hâl kendisini o kadar kaplamıştı ki, eğer talebesinden biri bir kusur etse ve bunu işitse; "Bunlar bizim fenâ sıfatlarımızın akisleridir. Biz fenâ olunca onlara da akseder onlar ne yapabilirler, ellerinden ne gelir?" buyurarak yüksek bir tevâzu gösterirdi.

Emr-i mârûf ve nehy-i münker yapıp, iyilikleri bildirip, kötülüklerden sakındırıken, şiddet ve sertlik göstermezdi. Bir kimse dine uygun olmayan bir iş yapsa veya söz söylese, yumuşaklıkla, kinâye ve îmâ ile sakındırır, kalb kırmak istemezdi. Emr-i mârûf yaparken, kendini diğer insanlaradn ayırmamak ve üstün görmemek için çok gayret sarf ederdi. Hiçbir zaman dilinde, meclisinde ve sohbetlerinde hiçbir Müslüman kötülenmezdi. Hûzurunda bulunanlardan birinin kalbinden bir Müslüman hakkında kötü bir düşünce veya hafife alma düşüncesi geçse, Muhammed Bâki-billah Hazretleri derhal hakkında kötü düşünülen kimseyi medhedici sözler söyleyerek konuşmaya başlardı.

Muhammed Haşim-i Keşmî şöyle anlatmıştır: Bir gün câmilerden birinin yanında talebelere ayrılmış bir odada oturuyordum. Bir talebe diğer bir talebe ile evliyânın hâlleri üzerinde konuşuyordu. Bir ara bu talebelerden biri, Muhammed Bâki-billah'dan bahsedip: "Bugüne kadar çok yerler gezdim. Bu zamanda onun gibi nefsini terketmiş, cefâlar çekmiş, kimse yoktur" diyerek şöyle anlattı:

Hâce Kutbüddîn Hazretlerinin mübârek mezârlarının başındaydım. Aniden: "Muhammed Bâki-billah Hazretleri geliyor" dediler. Mezâra hizmet eden hizmetçi, mezâra yakın bir yere onlar için bir iskemle ve üzerine minder ve örtü koydu. Muhammed Bâki-billah Hazretleri için hazırladı. Muhammed Bâki-billah daha teşrif etmeden önce, kendinden habersiz biri içeriye girdi. Gözü iskemleyi ve üzerindeki örtüyü görünce: "Bu nedir ve kimin içindir?" dedi. Hizmetçi; Muhammed Bâki-billah'ı göstererek; "Gelen şu aziz içindir" dedi. O kendinden habersiz adam kızarak, kötü söyleyerek, Muhammed Bâki-billah için bağırmaya başladı. Bu sırada Hazret-i Hâce Bâki-billah içeri girdi. Söven kimse, onu görünce huzûrunda, yüzüne karşı daha kötü sözler söyledi ve; "Ey filân! Sen buna lâyık mısın ki, senin için buraya minder koysunlar?" dedi. Adam bağırıp çağırmaktan ter içinde kalmıştı. Muhammed Bâki-billah hepsini göz işâreti ile bu işten vazgeçirip kendisi kötü sözler söyleyen o kızgın adamın yanına gidip, yumuşak ve tatlı bir ifade ile, "Evet, senin dediğin gibidir, ben öyleyim, ben ona nasıl lâyık olurum, benim haberim olmadan bu işi yaptılar. Affediniz efendim ve kalbinizi, bana karşı kötü düşünceden boşaltınız" deyip, kaftanlarının kolu ile o bağıran adamın alnının terlerini sildi. Sonra ona birkaç altın verdi. Böylece adamın öfkesi yatıştı. Bu hâdiseyi nakleden kimse sonra şöyle dedi: "Ben o adamın bağırıp çağırmaları karşısında Muhammed Bâki-billah Hazretlerinin halinde ve konuşmasında en ufak bir değişme görmedim. İşte o zaman yeryüzünde, melek sıfatlı bir kimsenin bulunduğunu yakînen anladım.