Başer'in yerine, eski Başbakanlık başdanışmanlarından Büyükelçi Rafet Akgünay atandı. Görevden alma kararında Başer'in hükümeti eleştiren açıklamaları ve geçen hafta yapılan Terörle Mücadele Yüksek Kurulu (TMYK) toplantısında Dişişleri Bakanı Abdullah Gül'le tartışması etkili oldu. Başbakanlık, Başer'in açıklamalarının terörle mücadeleye zarar verdiği için görevden alındığını açıklarken Başer, Başbakanlık tarafından yapılan açıklamanın çirkin olduğunu belirterek, "İnsan bir haber verir" dedi. Başbakan Tayyip Erdoğan da "Hayırlı olsun" demekle yetindi.Başbakan Erdoğan, AKP Genel Merkezi'ne gelişinde gazetecilerin Başer'in görevden alınmasıyla ilgili soruları üzerine, "Hayırlı olsun diyebilirim. Zaten hükümet açıklamasında her şey var" dedi.ABD Büyükelçisi Ross Wilson, Radikal'e, "ABD'nin terörle mücadelesi bugüne kadar olduğu gibi bundan sonra da bu göreve getirilecek yeni kişi altında da devam ettirilecektir. Sözlerimize sadığız. Bu değişikliğin çalışmalarımızı aksatmayacağımızı düşünüyoruz" dedi.