Beşiktaş, B Grubu'nda yer Bayer Leverkusen (Almanya), Club Brugge (Belçika), Dinamo Bükreş (Romanya) ve Tottenham (İngiltere) ile eşleşti. Siyah Beyazlılar Tottenham ve Club Brugge maçını İnönü'de; Dinamo Bükreş, Bayer Leverkusen maçını ise deplasmanda oynayacak.
Fenerbahçe'nin H Grubu'ndaki rakipleri ise Newcastle United (İngiltere), Celta Vigo (İspanya), Palermo (İtalya), Eintracht Frankfurt (Almanya) oldu. Sarı-Lacivertliler Palermo ve Eintracht Frankfurt ile Saracoğlu'nda, diğer iki maçı ise deplasmanda oynayacak. İşte fikstür;UEFA Kupası 2. tur grupları kura çekiminin ardından C Grubu'nda yer alan Beşiktaş ile H Grubu'nda yer alan Fenerbahçe'nin maç fikstürü belli oldu. Program şöyle;Fenerbahçe19 Ekim: Newcasttle - Fenerbahçe23 Kasım: Fenerbahçe - Palermo30 Kasım: C. Vigo - Fenerbahçe13 Aralık: Fenerbahçe - E.FrankfurtBeşiktaş19 Ekim: Beşiktaş -Tottenham.2 Kasım: Dinamo Bükreş - Beşiktaş.29 Kasım: Beşiktaş - Club Brugge.4 Aralık: B.Leverkusen - Beşiktaş. İlk 3'e giren gruptan çıkacak19 Ekim-14 Aralık tarihleri arasında oynanacak maçlar sonucunda gruplarında ilk 3 sırayı alan takımlar bir üst tura yükselecekler. Takımlar, 2'si iç sahada, 2'si deplasmanda olmak üzere toplam 4 karşılaşma yapacak.Kuraya toplam 40 takım katılırken, her grupta 5 takım bulunmak üzere 8 grup oluşturuldu.Final 16 Mayıs'taTakımlar, 2'si iç sahada, 2'si deplasmanda olmak üzere toplam 4 karşılaşma yaparken, 1 haftayı maç oynamadan geçecek ve grup maçlarını bitirecek. Gruplarını ilk üç sırada tamamlayan 24 takım ve Şampiyonlar Ligi'nde gruplarını üçüncü bitiren 8 takımın katılması ile oluşacak 32 takımlı eleme ve kupanın bir sonraki basamağı 16 takımlı elemenin ardından finaller başlayacak. Çeyrek final ve yarı finalin sonrasında finale yükselen iki takım 16 Mayıs 2007 tarihinde İskoçya'nın Glasgow kentinde karşı karşıya gelecek.İşte gruplar;A GRUBU: Auxerre, G. Rangers, Partizan, Livorno, Maccabi Haifa.B GRUBU: Beşiktaş, B.Leverkusen, Club Brugge, Dinamo Bükreş, Tottenham.C GRUBU: Sevilla, AZ Alkmaar, S.Liberec, Grasshoppers, Braga.D GRUBU: Parma, Lens, Heerenveen, Osasuna, Odense.E GRUBU: Feyenoord, Basel, Wisla Krakow, Blackburn, Nancy.F GRUBU: Ajax, Sparta Prag, Espanyol, Austria Wien, Zulte Waregem.G GRUBU: Panathinaikos, PSG, Rapid Bükreş, Hapoel T.Aviv, M.Boleslav.H GRUBU: Fenerbahçe, Newcastle, Celta Vigo, Palermo, E.Frankfurt.