2003-2004 sezonunda Konyaspor formasıyla 33 maçta 25 gol atarak, "Gol Kralı" unvanını alan Zafer Biryol, Fenerbahçe'de forma bulmakta oldukça zorlandı. 29 Ağustos 2005 tarihinde attığı imzayla sarı-lacivertli kulüple 3 yıllık sözleşme imzalayan Zafer Biryol için Fenerbahçe macerası sadece 1 sezon sürdü. Fenerbahçe ile 2 yıllık daha sözleşmesi bulunmasına rağmen önceki akşam yapılan açıklamayla Bursaspor'a verilen 30 yaşındaki Zafer, sarı-lacivertli takımda resmi maçlarda sadece 33 dakika sahada kaldı, gol atamadı. Sakatlık belini büktüTransferinin ardından geçirdiği ciddi sakatlık nedeniyle uzun süre forma bulamayan Zafer Biryol, geride kalan 2005-2006 sezonunda Turkcell Süper Ligi'nde 2, Fortis Türkiye Kupası'nda da 1 maçta, sonradan oyuna dahil oldu. Ligde 17. haftadaki Denizlispor ve 20. haftadaki Samsunspor maçlarında 82. dakikalarda oyuna dahil olan Zafer, lig maçlarında toplam 16 dakika sahada kaldı. Deneyimli futbolcu, Fortis Türkiye Kupası'nda ise takımının İstanbul'da Gaziantepspor ile yaptığı grup maçında son 17 dakika forma giydi. Zafer, Fenerbahçe'nin bu sezon geride kalan resmi maçlarında formagiyememişti. (A) Milli Futbol Takımı'nın formasını 5 kez giyen Zafer Biryol'un 1 golü bulunuyor.