Talebelerine daha çok Mevlana hazretlerinin Mesnevi'si ile kendisinin Ma'nevi isimli eserinden okuturdu. Nitekim şöyle denilmiştir:

Gülşeni dervişi güldür, goncalardır Mevlevi,

Bülbül-i Şeyda okur geh Mesnevi, geh Ma'nevi.

İbrahim Gülşeni hazretleri 1534 (H. 940) senesi Şevval ayının dokuzuncu gününde, Kelime-i Şehadet getirerek vefat etti. Yerine oğlu Ahmed Hayali geçerek, Gülşeni yolunu devam ettirmeye çalıştı.

İbrahim Gülşeni vefat ettiği gün, Münteci Muhammed Efendinin evinin önündeki bir servi ağacı yere devrildi. Muhammed Efendi; "Bu hayra alamet değil" deyip, dua almak alamet niyetiyle İbrahim Gülşeni'nin evine doğru gitti. Eve vardığı zaman, vefat ettiğini öğrendi. Evinin önünde bir servi ağacının devrildiğini, Gülşeni'nin oğlu Ahmed'e anlattı. Orada bulunanlar hayret ettiler. Çünkü, yakınları tabut yapmak için her tarafa servi ağacı aramaya çıkmışlardı.

Orada bulunanlar. "Biz servi ağacı bulmaya etrafa adam göndermiştik. Meğer sizin servinizin düşmesi İbrahim Gülşeni hazretlerinin tabutu içinmiş" dediler. Bana teselli geldi. O serviden tahta biçtirerek, tabut yaptırıp getirdim. Onun defnettiler. Yıkarken etrafa çok güzel misk gibi bir koku yayıldı. Bu kokuyu, orada bulunan herkes hissetti.

İbrahim Gülşeni'ni oğlu Ahmed Hayali, babasından otuz yedi sene sonra vefat etti. İbrahim Gülşeni'nin türbesine defnedildi. Kabri kazılırken etrafa öyle güzel bir koku yayıldı ki, orada hazır olanlar bu kokunun Cennet kokusu olduğunu ve İbrahim Gülşeni'nin kabrinden geldiğini anladılar. Sandukayı kaldırıp, toprağı kazmaya başladılar. Aşağı inildikçe koku arttı. Kokunun İbrahim Gülşeni'nin mübarek kabrinden geldiği aşikar oldu.

Kabre inen şöyle anlattı: "Merak ederek İbrahim Gülşeni'nin kabrini açtım. Aradan otuz yedi sene geçmesine rağmen, kefeninde leke bile yoktu. Mübarek başına doğru bakarak hürmetle selam verdim. Kabirden şöyle cevap verdi: "Aleyke selamullah ya İbni!" Tahammül edemeyip, elimde olmayarak diz çöktüm. Yanımda Şeyh Ali'nin lalası vardı. O, korkudan yukarı çıktı. Ben Ahmed Hayali'nin cesedini kabre koydum. üzerimdeki bütün yorgunluk ve korku gitti."

İbrahim Gülşeni hazretlerinin Ma'nevi isimli mesnevisinden başka, Arabi, Farisi ve Türkçe Divanları da vardır. Ma'nevi'nin bir kısmını, talebelerinden Muhammed Fenai Efendi Türkçe'ye tercüme etmiştir.

Besmelenin fazileti

İbrahim Gülşeni, bir gün talebeleriyle sohbet ediyordu. Bir ara talebeler; "Efendim! Allahü Teala'nın ihsanı ile kabirdeki ölülerin azapta veya nimet içinde oldukları bilinebilir mi? Dua ederek azapta olanın azabı kaldırılır mı?" diye sordular. İbrahim Gülşeni de: "Allahü Teala'nın sevdiklerinden biri bir kabre uğradığında, kabirdekilerin azap içinde olduğunu gördü. Aradan bir müddet geçtikten sonra, tekrar o kabrin yanına uğradı. Kabre teveccüh ettiğinde, azabın kaldırılmış olduğunu gördü. Hayret ederek düşünceye daldı. O sırada kendisine bir hitab geldi. Deniyordu ki: "Bu kabirde yatan kimsenin küçük bir çocuğu vardı. Annesi o çocuğu ilim öğrenmeye gönderdi. Çocuk Besmeleyi öğrenince, Besmelenin hürmetine babasının azabı kaldırıldı"