Kâdiriyye yolu ileri gelenlerinden olan babası Fethullah Efendinin terbiyesinde yetişen Muhammed Emin Erbilî, babasından Kur'an-ı Kerim okumayı ve diğer temel din bilgilerini öğrendi. Erbil'de bulunan alim ve velîlerin ilim meclisinde ve sohbetlerinde bulundu. Nakşibendiyye yolu büyüklerinden Mevlânâ Şeyh Ömer'e talebe oldu. Onun hizmet ve sohbetlerinde bulundu. Şeyh Ömer Efendi'nin pekçok yüksek hallerine ve kerâmetlerine şahid oldu. Onun sohbetinde ilahî feyzlere kavuştu. Nefsinin istediklerini yapmamak ve istediklerini yapmak suretiyle Allah-u Teala'nın rızâsına kavuşmaya çalıştı. Nakşibendiyye yoluna göre yetişip güzel ahlâk ve iyi haller sahibi oldu. Hocasının talebeleri arasında en yükseği oldu. Hocasının verdiği vazifeleri edepli bir şekilde ve tam olarak yerine getirdiği gibi, arkadaşlarına karşı da muâmelesi hoştu.
Muhammed Emin Efendi hocasının huzurunda geçirdiği yıllarla ilgili olarak şöyle anlatır: "Senelerce hocam Ömer Efendi'nin sohbetinde bulundum. Huzurlarına girdiğimde edep ve hayâmdan otur demedikçe oturduğumu ve onun yüzüne baktığımı hatırlamıyorum. O emretmeden huzurdan ayrılmadım. Bâzan bana oturmamı emrederdi ben de edep, hayâm sebebiyle oturamazdım. Hocamın huzuruna babasının talebelerinden yaşlı bir zât geldi. Hocam onu benim halvette bulunduğum odaya getirdi. Orada günlerce beraber kalıp mücahede, nefsin istemediklerini yapmak ve riyâzete, nefsin istediklerini yapmamağa devam ettik. Gece olduğu zaman bir müddet istirahat etmek için husûsi yerlerimize çekildik. Ben o ihtiyar zâtın uyuyacağını zannettim. Halbuki o zât Allah-u Teala'nın ismini zikrederek murakebeye daldı. Ben de ona uyup aynı şeyleri yaptım. Her ne zaman başımı kaldırıp o zâta baktıysam, bu hâli üzere duruyordu. Yorgunluk hissettiğim zaman kendi nefsime dedim ki: "Ey alçak nefsim! Sen daha ömrün başındasın ve gençsin. Halbuki bu zât ihtiyar ve güçsüz hale gelmiştir. O, Allah-u Teala'ya ibadetle meşgûlken sen yorgun olduğunu söylemekten utanmıyor musun?" Böylece günler ve geceler boyu halvette kaldık. Bir gün hocam o ihtiyar zâta; "Bu Erbilli genç nasıldır?" diye sordu. O zât; "O genç çok yorgundur" dedi. Ben hocama karşı saygısızlık yaptığımı zannettim. Hoca o zâta; "Niçin yorgundur?" diye sorunca; "Halvette bulunduğum sırada ne zaman başımı kaldırsam bu genci oturmuş murâkabe eder halde buldum. Nefsim bana istirahat etmemi emrettiği zamanlar ona dedim ki: "Bu kimse genç yaşında uykuya ve istirahata daha çok muhtaçtır. O uyumuyor da sen nasıl uyumak istiyorsun. Halbuki sen dünyadan yüz çevirdiğini ve ahirete yöneldiğini iddia ediyorsun. Bu iddiân ile hareketlerin birbirini tutmuyor" dedi. Hocam tebessüm ederek buyurdu ki: "Senin onda gördüğünü, o sende gördü. Benim yanımda sizin aranızda fark yoktur."
Muhammed Emin Erbilî Hazretleri hocasının huzûrunda ve sohbetinde derecelere ulaştıktan sonra, icâzet, diploma ve hilâfet alarak tasavvuf yolunda talebe yetiştirmekle vazifelendirildi. İnsanlara İslâmiyetin emir ve yasaklarını anlatmak ve mübârek zâtların kabirlerini ziyaret etmek üzere seyâhate çıktı. Bu yolculuğu ve ziyâretleri esnasında çeşitli garip hallerle karşılaştı. Yûnus Aleyhhisselâmın kabrini ziyâret ettiği sırada kabirle kendisi arasındaki perde kaldırılınca, Yûnus Aleyhisselamın oturduğunu ve peygamberlerin onu gruplar halinde ziyaret ettiklerini gördü. Onların selâmlaşmalarını ve konuşmalarını işitti. Orada hazır olan Peygamberler, Peygamber Efendimiz'in sallallahü aleyhi ve sellem gelmesini bekliyorlardı. Muhammed Emin Erbilî Hazretleri orada bulunanlara dedi ki: "Ben burada hazır bulunanların nurlarını örten büyük ve parlak bir nur görüyorum." Orada bulunanları; "O buraya teşrif edecek olan yaratılmışların seyyidinin nûrudur" dediler. Muhammed Emin Erbilî, Yunus Aleyhisselamın kabrini ziyareti esnasında gördüklerini hocasına ve arkadaşlarına anlatınca, arkadaşları ona Peygamber Efendimizin meclisini nasıl gördün, diye sordular. O buyurdu ki: "Diğer peygamberlerin onun önünde, talebelerin, hocasının önünde edep ve hayâları sebebiyle diz çöktükleri gibi olduklarını gördüm."