Hârun Velî sonra talebelerini çağırdı. Onun çok zayıflamış olduğunu gören talebeleri: "Efendimiz! Hâliniz nasıldır!" diye sorunca; "Çok şükür iyiyim. Allah-û Teâlâ'ya hamdolsun. Yalnız bir zayıflığım var. Sizin ile âhir ömrümde son bir defâ iştişâre etmek üzere çağırdım. Benim hâlimi biliyorsunuz. Bu âlemde fazla kalmayıp, yüce Mevlâya kavuşsam gerek. Sizin her birinizi bir memlekete göndereceğim. Gittiğiniz yerlerdeki kâfirler, Allah-û Teâlâ'nın izni ile îmâna gelsin" dedi. Bunları konuşurken talebelerini aradı. Göremeyince, "Seyyid Mahmûd nerededir?" diye sordu. Seyyid Mahmûd ise sonradan geldiğinden: "Buyrun efendim!" diye cevap verince, Hârun Velî, "Oğlum! Sen Alanya'ya git. Meskenin orası olsun" buyurdu. Seyyid Mahmûd: "Sultânım! Siz bu durumda iken ben sizi nasıl bırakıp gidebilirim?" dedi. Hârun Velî: "İşte asâmı atıyorum. Bu asâ nerede karar kılar ise, sen de orada mesken tutasın" diye emredince, Seyyid Mahmûd hemen yola çıktı.
Hârun Velî daha sonra, Oğlum Zekeriyyâ! Seni de Manavgat'a gönderiyorum. Hemen oraya git" emrini verdi. Zekeriyyâ Baba da hocasından ayrılmasının üzüntüsü içinde hemen yola çıktı. Ali Baba, Gök Seyyid ve Siyah Derviş'e dönerek, "Evlatlarım! Siz de Antalya'ya gideceksiniz. Sâhil olup, güzel yerdir" dedi. Onlar da hüzün içinde yola çıktılar. Akça Baba'yı Germiyan iline, Nasipli Baba'yı Aydın iline uğurladı. Seyyid Hârun Velî'nin hastalığı günden güne ziyâdeleşince, talebelerine, "Ey yârenlerim! Artık biz âhirete gidiyoruz. Öldüğümüz zaman beni ibâdet yerim olan buraya defnetiniz. Üzerime bir türbe yapınız. Hepiniz haklarınızı helâl ediniz" deyince, herkes gözyaşı dökmeye başladı. Hârun Velî onları ikaz etmek için: "Siz bana niçin ağlıyorsunuz. Ben hayâtım boyunca, sevdiğim ve rızâsını almaya uğraştığım mukaddes dostuma gidiyorum. Sizleri de O'na emânet ediyorum" dedikten sonra Kelime-i şehâdet getirerek 1320 (720) senesinde rûhunu teslim etti.
Hârun Velî'nin vefâtını kimse fark edemedi. Görenler ölmemiş zannediyordu. Yüzünde hiç vefat nişânesi yoktu. Sanki tatlı bir tebessümle etrâfını seyir ve temâşa ediyordu. Kimse ne olduğunu anlayamadı. Sonra Haydar Baba ile Gök Tîmûr Baba gelip, Hârun Velî'nin mübârek nâşı yanında gece sabaha kadar beklediler. Öldüğüne kanâat getirdiler. Sabah gasl işleri tamamlandı ve kalabalık bir cemâat tarafından kılınan namazdan sonra husûsi ibâdethânesine defnedildi. Üzerine kısa zamanda bir türbe yaptırıldı. Yerine kızı Halîfe Sultan geçti. Halîfe Sultan'ın vefâtından sonra ise, Hârun Velî'nin şetişmesine ve terbiyesine çok önem verdiği kardeşinin oğlu Mûsâ geçti.
Hârun Velî daha sonra, Oğlum Zekeriyyâ! Seni de Manavgat'a gönderiyorum. Hemen oraya git" emrini verdi. Zekeriyyâ Baba da hocasından ayrılmasının üzüntüsü içinde hemen yola çıktı. Ali Baba, Gök Seyyid ve Siyah Derviş'e dönerek, "Evlatlarım! Siz de Antalya'ya gideceksiniz. Sâhil olup, güzel yerdir" dedi. Onlar da hüzün içinde yola çıktılar. Akça Baba'yı Germiyan iline, Nasipli Baba'yı Aydın iline uğurladı. Seyyid Hârun Velî'nin hastalığı günden güne ziyâdeleşince, talebelerine, "Ey yârenlerim! Artık biz âhirete gidiyoruz. Öldüğümüz zaman beni ibâdet yerim olan buraya defnetiniz. Üzerime bir türbe yapınız. Hepiniz haklarınızı helâl ediniz" deyince, herkes gözyaşı dökmeye başladı. Hârun Velî onları ikaz etmek için: "Siz bana niçin ağlıyorsunuz. Ben hayâtım boyunca, sevdiğim ve rızâsını almaya uğraştığım mukaddes dostuma gidiyorum. Sizleri de O'na emânet ediyorum" dedikten sonra Kelime-i şehâdet getirerek 1320 (720) senesinde rûhunu teslim etti.
Hârun Velî'nin vefâtını kimse fark edemedi. Görenler ölmemiş zannediyordu. Yüzünde hiç vefat nişânesi yoktu. Sanki tatlı bir tebessümle etrâfını seyir ve temâşa ediyordu. Kimse ne olduğunu anlayamadı. Sonra Haydar Baba ile Gök Tîmûr Baba gelip, Hârun Velî'nin mübârek nâşı yanında gece sabaha kadar beklediler. Öldüğüne kanâat getirdiler. Sabah gasl işleri tamamlandı ve kalabalık bir cemâat tarafından kılınan namazdan sonra husûsi ibâdethânesine defnedildi. Üzerine kısa zamanda bir türbe yaptırıldı. Yerine kızı Halîfe Sultan geçti. Halîfe Sultan'ın vefâtından sonra ise, Hârun Velî'nin şetişmesine ve terbiyesine çok önem verdiği kardeşinin oğlu Mûsâ geçti.