Mustafa Kemal, Havza'daki gelişmelerden sonra Amasya'ya geçmiştir. O günün şartları Nutuk'ta şöyle anlatılır:

"Anadolu'ya geçeli bir ay olmuştu. Bu süre içinde bütün ordu birlikleriyle temas ve bağlantı sağlanmış, millet mümkün olduğunca aydınlatılarak dikkatli ve uyanık bir duruma getirilmiş, millî teşkilat kurma düşüncesi yayılmaya başlamıştı.

Genel durumu artık bir komutan ile yürütüp, yönetmeye devam imkanı kalmamıştı.



Yapılan geri çağırma emrine uyulmamış ve onu yerine getirmemiş olmakla birlikte millî teşkilat ve hazırlıkların yönetimine devam etmekte olduğuma göre, şahsen asi durumuna geçmiş olduğuma şüphe edilemezdi.

O halde yapılacak teşebbüs ve faaliyetlerin bir an önce şahsi olmak niteliğinden çıkarılması, mutlaka bütün bir milletin birlik ve dayanışmasını sağlayacak ve temsil edecek bir heyet adına olması gerekliydi." 



Türkiye Cumhuriyeti'nin temellerinin atıldığı, ulusal egemenlik ve tam bağımsızlık vurgusunun ilk kez yer aldığı önemli genelge Amasya'da hazırlanmıştır. Bununla, İstanbul Hükûmeti yok sayılmaktadır.

Rauf Bey, Refet Bey, Ali Fuat Paşa ile beraber düzenlenen, Kazım Dirik ve Hüsrev Gerede tarafından hazırlanan genelge daha sonra ilan edilmiştir.



Mustafa Kemal'in yaveri Cevat Abbas'ın anılarından, yazıldığı geceyi kısaca verelim:

"… Büyük Adam, Havza Camii'nde bütün millete, kurtulmak ve vatanı parçalatmamak için yapılacak vatanî ve millî ödevleri işaret ederek, milletleri bünyenin en büyük kuvveti olan birlik ve beraberliğe davet etmiş ve fiili müsellah (silahlı) harekete hemen geçmek maksadıyla Havza silah deposunun kapılarını halka açmakla teşkilata başlamıştır.

Havza'dan hareketimizden önce 20. Kolordu Kumandanı General Ali Fuat Cebesoy'dan, er kıyafetine girerek misafirleriyle birlikte Havza istikametine hareket etmesi bir şifre ile rica olunmuştu.



12 Haziran 1919 günü Havza'dan Amasya'ya hareket eden karargâhımız aynı gün akşamına doğru Amasya'ya vardı. Nacip (Soylu) ve fedakâr Amasyalılar, Atatürk'ü coşkun tezahüratla karşıladılar.

Havza'dan hareketimizden üç gün geçmemişti. Arandığım telefonda, 20. Kolordu Yaveri Üsteğmen, Bay İdris (Cura) kumandanının ve misafirlerinin Havza'nın 12 km cenubunda ve HavzaAmasya yolunun üzerinde bir noktada Müfettiş Paşa Hazretlerinin emirlerini beklediklerini haber veriyorlardı.



'Kumandanım, vakit geçirmeden Amasya'ya hareket etsinler. Nerede rastlarsan Fuat Paşa'yı, Rauf ve Süreyya Beyleri bizim otomobile al, emrini telefonda bekleyen yaver arkadaşa hemen bildirdim.'

(…) Vehip Paşa Değirmenleri denen mahalde muhterem General Ali Fuat Cebesoy ve arkadaşlarıyla karşılaşıldı. Atatürk'ün emri veçhile hareket edilerek Amasya'ya akşam başlarken dönüldü.



(…) 'İstanbul'da faaliyet ümitleriniz kalmadığı zaman bana mülaki olunuz' tavsiyesine riayet eden eski Bahriye Nazırı Albay Hüseyin Rauf Orbay'ın (Londra sefirimiz) Manisa ve havalisini ve oradan Ankara istikametindeki mıntıkaları tetkik ederek Atatürk'e mülaki oluşu (katılışı) Atatürk'ün hazzını katmerlendirdi.



Bay Hüseyin Orbay'a, Mutasarrıf İbrahim Süreyya Yiğit, Yüzbaşı Osman Nuri  (General Osman Tufan) ve İhtiyat Zabiti Recep Zühtü Soyak (Zonguldak eski Mebusu) refakat ediyorlardı.

(…) Şimdi kesin hareket için Samsun'a çıkışımızdan Amasya'ya muvasalatımıza kadar geçen 23 günlük hadiseleri büyük bir salabet (manevî kuvvet) ve samimiyetle, saatlerce günlerce Atatürk arkadaşlarına izahta bulundu. Devam edecek (Prof. Dr. Haydar Baş Hoş Geldin Atatürk eserinden)