Spor Toto Süper Lig'de şampiyonluk iddiasını 33. haftaya kadar sürdüren ve 2016-2017 sezonunu 73 puanla 2. sırada tamamlayan Medipol Başakşehir, tarihinin en iyi sezonunu geçirdi. Ziraat Türkiye Kupası'nı da finalde kaybeden turuncu-lacivertliler, başarılı geçirdiği sezonu kupa ile taçlandıramadı. Süper Lig'de bundan önceki iki sezonu 4. sırada tamamlayan ve istikrarlı bir şekilde gelişimini sürdüren turuncu-lacivertliler, 3. haftada oturduğu liderlik koltuğunda 15 hafta kalmayı başardı. Ligde 33. haftaya Beşiktaş'ın 4 puan gerisinde giren Medipol Başakşehir, siyah-beyazlıların puan kaybetmemesiyle şampiyonluk umutlarını yitirdi. 

İlk kez UEFA Şampiyonlar Ligi şansı
Turuncu-lacivertliler, ligi ikinci sırada tamamlayarak Şampiyonlar Ligi'ne 3. ön eleme turundan katılma hakkını elde etti. Son iki sezonda UEFA Avrupa Ligi'nde mücadele eden İstanbul ekibi, tarihinde ilk kez Şampiyonlar Ligi gruplarına katılma mücadelesi verecek.

Türkiye Kupası'nı yine finalde kaybetti
Medipol Başakşehir, Ziraat Türkiye Kupası'nda Galatasaray ve Fenerbahçe gibi güçlü takımları eleyerek adını finale yazdırdı. Turuncu-lacivertliler, Atiker Konyaspor ile oynadığı final maçında rakibine penaltı atışları sonucunda kaybetti. Abdullah Avcı'nın ekibi, ikinci kez mücadele ettiği finalden yine kupasız ayrıldı. Teknik direktör Avcı'nın takımı, lig, kupa ve Avrupa'da oynadığı 50 resmi maçta yalnızca 5 kez kaybetti. Turuncu-lacivertli ekip, şampiyonluk yaşamış 5 takıma karşı oynadığı 13 maçta 8 galibiyet aldı, yalnızca 1 yenilgi yaşadı.