Hâcegi İmkenegî Hazretlerinin, Muhammed Bâki-billah'a hilâfet ve tam bir icâzet verip, Hindistan'a gönderdiğini duyan talebelerinden bazıları gayrete gelip, aralarında bir huzursuzluk hâsıl oldu. Kendileri uzun müddet orada oldukları için yeni gelen bir gencin kısa zamanda tam bir icâzetle dönmesi onları düşündürmüştü. Hâcegi İmkenegî Hazretleri bu durumu duyunca şöyle buyurmuştur, "Dostlarım bilsinler ki, bu gencin işini tamamlayıp buraya bizim yanımıza gönderdiler. Yanımıza hâllerinin doğru olup olmadığını kontrol için geldi. Şüphesiz öyle gelen böyle gider."
Muhammed Bâki-billah Hazretleri hocasının emriyle Hindistan'a gidip, bir sene Lâhor'da kaldı. Oradaki âlimler ve fâdıllar onun sohbetine gelip, istifâde ettiler. Sonra Delhi'ye gidip, vefâtına kadar orada kalıp, insanlara doğru yolu anlattı. İki-üç sene gibi kısa bir müddet irşâd makâmında bulunmasına rağmen, pekçok âlim ve velî yetiştirdi. Onun yetiştirdiği büyüklerin başında, kendisinden sonra halîfesi olan, hicrî ikinci bin yılının müceddidi, İslâm alimlerinin gözbebeği İmâm-ı Rabbânî Ahmed Fârûkî Serhendî gelir. İmâm-ı Rabbânî Hazretleri yetişip kemale gelince, Muhammed Bâki-billah bütün talebesinin yetiştirilmesini ona bıraktı. Hâce Ubeydullah ve Hâce Muhammed Abdullah adında iki oğlu vardı. Bunların da yetiştirilmesini İmâm-ı Rabbânî Hazretlerine bıraktı. İmâm-ı Rabânî Hazretlerinin Mektûbât'ında bunlara yazılmış mektupları vardır. Oğulları tasavvufta yetişmiş kıymetli zâtlardandı.
Muhammed Bâki-billah'ın annesi, evinde kendisine hizmet eden kadın hizmetçileri olduğu hâlde, dergâhın hizmetini kendisi görürdü. Hattâ tandıra bile ekmeği kendisi kor, pişirirdi. Yemekleri pişirip hazırlardı. Tâze ekmeği dergâhta bulunanlar için verir, kendisi kuru ekmek yerdi. Çoğu zaman bir kuru hasır üzerinde yatardı. Bir gün Muhammed Bâki-billah, annesini güçsüz ve tâkatsiz bir hâlde görerek, dergâhın yemek pişirme işini bir başkasının yapmasını söyledi. Fakat annesi böyle bir hizmetten mahrûm kaldım diye ağlayarak; "Bilmiyorum, ne kabahatim oldu da, Allah-ü Teâlâ beni bu hizmetten mahrûm eyledi. Yaptığım en iyi iş, o fazîletli oğlum Muhammed Bâki-billah'a ve talebelerine ekmek ve yemek pişirmek idi. Onu da benden aldılar" dedi. Tevâzuunun, inkisârının, kırıklığının ve ebedinin çokluğundan, bu durumu oğlu Muhammed Bâki-billah Hazretlerine açıklamadı. Annesinin bu ızdırâbı, Muhammed Bâki-billah Hazretlerine bildirilince, bir nîmet olan bu hizmeti tekrar annesine verdi."
Muhammed Bâki-billah, daima hallerini gizlerdi. Çok tevâzu sahibiydi. Suâl soranlara zarûret miktârınca, kısa cevap verirdi. Bununla beraber, tasavvuf yolunda karşılaşılan derin mânaların hallî için sorulan suâlleri, soranın tamâmen anlaybileceği şekilde, açık şekilde izâh ederdi. Belki yanlış anlar ve yanlış yola gider düşüncesiyle, bu hususta çok dikkatli davranırdı. Daima hüzünlü ve üzüntülü olduğu halde, huzuruna gelenlerle neşeli ve tebessüm ederek konuşurdu. Müslümanlara çok yardım eder, iyi işlerinde onlara faydalı olmaktan asla kaçınmazdı. Âlimlere ve büyüklere, aşırı hürmetleri vardı.