Medipol Başakşehir, Süper Lig'deki ilk şampiyonluğunu geride kalan sezon kazandıran teknik direktör Okan Buruk ile yollarını karşılıklı anlaşarak ayırdı. Abdullah Avcı'nın ardından 11 Haziran 2019'da takımın başına geçen Okan Buruk, İstanbul ekibinde 599 gün görevde kaldı. Turuncu-lacivertli ekip, Okan Buruk yönetiminde 2019-2020 sezonunu şampiyon tamamlayarak, Süper Lig'in 6. farklı şampiyonu olmayı başardı. Medipol Başakşehir, bu sezon ise ligde ilk yarı sonunda 44 puanla lider Beşiktaş'ın 20 puan gerisinde kaldı ve 15. sırada yer aldı. Son olarak Trabzonspor ile oynanan Süper Kupa maçının da kaybedilmesinin ardından İstanbul ekibinde Okan Buruk dönemi sona erdi. İlk sezonunda Süper Lig şampiyonluğu Okan Buruk, Medipol Başakşehir'deki ilk sezonunda tarihi bir başarı elde ederek takımıyla şampiyonluk sevinci yaşadı. Turuncu-lacivertli ekip, pandemi nedeniyle 26 Temmuz 2020'de tamamlanabilen ligi 69 puanla Trabzonspor'un 4 puan önünde lider tamamlayarak şampiyonluk kupasına ulaştı. İstanbul ekibi, 20 galibiyet, 9 beraberlik ve 5 yenilgi ile ligi tamamladı. 65 gol attığı sezonda, 34 gol yedi. Avrupa'da tarihi başarı Medipol Başakşehir, Okan Buruk ile Süper Lig'de olduğu gibi Avrupa kupalarında da en büyük başarısını yakaladı. 2019-2020 sezonunda tarihinde ilk kez UEFA Avrupa Ligi gruplarından çıkmayı başaran Medipol Başakşehir, Süper Lig şampiyonu olarak aynı yılda Şampiyonlar Ligi gruplarında da mücadele etme hakkı kazandı. Turuncu-lacivertli ekip, UEFA Avrupa Ligi'nde Roma, Borussia Mönchengladbach ve Wolfsberger ile yer aldığı J Grubu'nu 10 puanla lider tamamladı ve son 32 turuna yükseldi. İstanbul temsilcisi, son 32 turunda da Portekiz ekibi Sporting Lizbon'a deplasmanda 3-1 yenildiği maçın rövanşını sahasında uzatmalarda 4-1 kazanarak adını son 16 turuna yazdırdı. Bu turda Danimarka ekibi Kopenhag'ı sahasında 1-0 yenen Medipol Başakşehir, deplasmanda 3-0 kaybetti ve çeyrek final şansını kaçırdı. Şampiyonlar Ligi'nde Manchester United galibiyeti Medipol Başakşehir, Şampiyonlar Ligi'nde ilk kez teknik direktör Okan Buruk ile mücadele etti. Grup aşamasından Şampiyonlar Ligi serüvenine başlayan İstanbul ekibi, ilk iki maçını Leipzig ve Paris Saint-Germain karşısında gol atamadan kaybetti. Turuncu-lacivertli ekip, Şampiyonlar Ligi'ndeki ilk gollerini, ilk galibiyetini ve ilk puanlarını İngiliz ekibi Manchester United ile oynadığı üçüncü grup maçını 2-1 kazanarak elde etti. Okan Buruk yönetimindeki Medipol Başakşehir, Şampiyonlar Ligi'ni 1 galibiyet, 5 yenilgi ve toplanan 3 puan ile son sırada tamamladı. Son maçı Süper Kupa Okan Buruk'un, Medipol Başakşehir'in başındaki son karşılaşması Trabzonspor ile oynanan TFF Süper Kupa maçı oldu. Turuncu-lacivertli ekip, Trabzonspor'a 2-1 yenilerek Süper Kupa'yı rakibine kaptırdı. Bu maçın iki gün ardından ise Okan Buruk ile yollar ayrıldı. Medipol Başakşehir, ligin ikinci yarısında yeni teknik direktörüyle yoluna devam edecek.