Bu kongre önce 10 Temmuz'da Vilayet-i Şarkıyye Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti olarak yapılacakken, bu mümkün olmamış ve 23 Temmuz'a sarkmıştı

Hudutlarımıza kadar İslamları mahva mahkum ve hicrete mecbur ederek vilayat-ı şarkıyemiz hakkındaki emellerine doğru emniyetle takarrüp etmek ve bir taraftan da 400 bin olduğunu iddia ettikleri Osmanlı Ermeni'sini bir istinatgâh olmak üzere memleketimize sürmek istiyorlar.

Karadeniz'in garp tarafındaki vakayie gelince… Macar ve Bulgarlar memleketlerinin mühim bir kısmını istila etmek istiyenlere karşı bütün mevcudiyet-i millîyeleriyle çalışıyorlar.

Meriç nehri garbında yani Balkan Harbi'nden evvel devletimizin malikanesi olan Garbi Trakya'nın Bulgarlardan alınarak Yunanlılara verilmesi düvel-i itilafiyyece karargir olmasından naşi harekat-ı tatbikiye başlamış ve Yunan işgal kuvvetlerine karşı Bulgar kuvayi millîyesi tarafından takviye edilen Bulgar kuvvetleri Garbi Trakya mıntıkası dahilinde verdikleri muharebat neticesinde müteaddit Yunan fırkalarını defetmiştir."  Son kısım ise şu dualar ile bitmiştir:

"Milletimizin kurtuluş ümidi ile çırpındığı en heyecanlı bir zamanda fedakâr muhterem heyetiniz her türlü zahmete katlanarak burada, Erzurum'da toplandı. Bilhassa bütün cihana karşı milletimizin mevcudiyetini ve birliğini gösterdi.

(…) Bu kurtarıcı toplantımız sona ererken, Cenab-ı Vahibü'lamal Hazretleri'nden (emelleri gerçekleştiren Yüce Allah'tan) yardım ve hidayet ve Peygamber-i Zişan'ımızın ruh-u pür futuhundan (şanlı Peygamberimizin rahmetle dolu ruhundan) feyiz ve şefaat niyazıyla…

Vatan ve milletimize sonsuza kadar yaşayacak devletimize mesut akıbetler temenni ederim." 

Kongrenin açılış gecesinde İstanbul hükûmeti "asi" dediği Mustafa Kemal ve arkadaşlarının tevkifini askerî ve sivil makamlara bildirmiştir.

İlerleyen günlerde kongre tartışmalarla geçmiştir.

"Kongreye gelmiş bulunan Ömer Fevzi (muharrir) tarafından ileriye sürülmüştü. Ne idüğü belirsiz olan bu zat;

'Kışlaları kapatalım, askerleri kamilen terhis edelim, sulh içinde yaşamanın şartlarını hazırlayalım ve gereğinde askerî hizmetleri milis teşkilatı kurarak ona tevdi edelim' teklifinde bulunuyordu. Bolşevikliğin bir dünya saadeti propagandası halinde dünyaya yayıldığı o anlarda bu teklif kongreyi çıldırtacak hale getirmiş ve Ömer Fevzi'ye karşı birden bir kin ve nefret hâsıl olmuştu:

'Burada Bolşevik propagandası istemiyoruz. Biz vatanı kurtarmak için bu kongrede toplanmış bulunuyoruz. Orduyu terhis etmek, kışlaları kapatmak Bolşevikliktir' diye yükselen itham ve hücumlar karşısında kürsüden indirilen bu Ömer Fevzi, bütün tevil, tefsir ve yalvarışlarına rağmen bir daha dinlenmiyor ve kongrenin devamınca ağız açamaz hale girdi. Kongrede Bolşeviklik propagandası ve hararetli münakaşalar bulunuyordu." 

Yine, kongre esnasında nizamname yazılırken Mustafa Kemal'in hoca azaların görüşlerine verdiği değer takdire şayandır:

"Kongrenin hararetli sahnesini de nizamnamenin yedinci maddesinin müzakeresi teşkil etti. 7'nci maddede; 'İnsanî ve asrî gayeler tebcil ve...' ibaresi vardı.

Bu fıkradaki asrî kelimesi kıyamet kopmasına ve hocaefendilerin bin bir çeşit tefsirine vesile oldu. Murahhas aza arasındaki hocalardan o kadar aşırı tefsirlerde bulunanlar vardı ki, bunları dinlerken şaşmamanın imkanı yoktu.

'Bu frenkleşmeyi kabul etmektir.'

'Küfüre kadar gider.'

'Bari Müslümanlığı terk edip Hıristiyanlığı kabul ettiğimizi ilan edelim' diyenler bile vardı. Nihayet asrî kelimesi maddeden çıkarıldı." 

Mustafa Kemal ve Rauf Beylerin Heyet-i Temsiliye'de yer alıp almaması konusunda da ciddi tartışmalar yaşanmıştır.

14 gün aralıksız süren çalışmalardan sonra Heyet-i Temsiliye oluşturuldu.

Üyeleri şunlardı:

Mustafa Kemal Paşa (sabık 3. Ordu Müfettişi ve askerlikten müstafi),
Hüseyin Rauf Bey (Bahriye Nazırı esbakı),
Hoca Raif Efendi (sabık Erzurum Mebusu),
Şeyh Fevzi Efendi (Erzincan'da Nakşi şeyhi),
Servet Bey (sabık Trabzon Mebusu),

Bekir Sami Bey (esbak Beyrut Valisi), Sadullah Efendi (sabık Bitlis mebusu), Hacı Musa Bey (Mutki aşiret reisi).

Heyet-i Temsiliye'ye seçilenlerden Bekir Sami Bey (bilahare Hariciye Vekili) Erzurum'a gelmemiş, kongreye iştirak etmemişti. Sivas'ta bekliyordu. Kazım Karabekir Paşa'nın ismi de Heyet-i Temsiliye'ye seçilmiş olmasına rağmen resmi listede, On Beşinci Kolordu Kumandanı ve Üçüncü Ordu Müfettiş Vekili bulunması hasebiyle zikredilmemişti. 

Kongre sonunda "Türk Basımevi"ne tabedilen beyanname daha o gece Türkiye'ye telgraflarla haber edilmiştir.

Neticede, Erzurum Kongresi, şark vilayetlerinde kurulmuş olan cemiyetleri, Şark Vilayetleri Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti adıyla bir araya toplamıştır.

Erzurum Kongresi, millî direniş, millî hakimiyet, millî parlemento, millî hudutlar gibi millî unsurları vatan sathına yaymak ve mücadelenin temeline oturtmak noktasında tarihî bir dönüm noktasıdır.

Bu görüşler Sivas Kongresi'nde daha da kesin bir hal alacaktır.

Erzurum Kongresi'ni bitirirken, Mustafa Kemal'in kongre yorumunu yazalım:

"Erzurum'da ve kongrede gördüğüm samimiyet, mertlik ve fedakârlık, azim ve iman, beni doğrusu çok cesaretlendirdi. Memleketimi kurtarmak yolundaki cesaretimi arttırdı.

Erzurum'a ilk geldiğim günkü vaziyetimi biliyorsunuz. Ben burada rütbemi, Yaver-i Hazreti Şehriyariliği, resmi mevkiimi, üniformamı attım ve bütün kainata sine-i millette bir ferd olduğumu ilan ettim. Arkadaşlarım da böyle."  (Prof. Dr. Haydar Baş Hoş Geldin Atatürk eserinden)