Yargıtay'ın bozma kararının ardından 274 sanıklı "Ergenekon" davasının yeniden görülmesine, İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi'nde başlandı. İlk duruşmaya Danıştay saldırısı hükümlüsü tutuklu sanık Alparslan Arslan ile CHP Milletvekili Dursun Çiçek, Vatan Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ve gazeteci Yalçın Küçük'ün de aralarında olduğu 70'i aşkın sanık katıldı.
Duruşmaya gelmeyen eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ ile diğer sanıkları ise avukatları temsil etti. Duruşmada Mahkeme Heyeti Başkanı Metin Tamirci, sanık ve sanık avukatlarına, Yargıtay 16. Ceza Dairesi'nin tüm sanıklar yönünden bozma kararı verdiğini hatırlatarak, bununla ilgili beyan alacağını bildirdi. Başkan Tamirci, tek tek görüş almayarak, "Karara uyulmamasını isteyen var mı?" diye sordu.
Söz alan tüm sanık ve avukatları da bozma kararına uyulmasını istedi. "Ergenekon" davasında, eski Genelkurmay Başkanı  İlker Başbuğ ile eski komutanlar  Dursun Çiçek, Hasan Iğsız ve  Nusret Taşdeler'in de aralarında bulunduğu 19 sanık hakkındaki dosya ile  Danıştay saldırısı dosyasının ayrılmasına karar verildi.
'Ankara'da görülsün' kararından dönüldü
Dönemin Hakimler ve Savcılık Yüksek Kurulu'nun (HSYK) kararıyla dosyaya bakmakla yetkilendirilen İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi, 9 Kasım 2016'da verdiği kararla, "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini cebir ve şiddet kullanarak ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs" suçunun mağduru hükümetin Ankara'da bulunması, Türk Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanı ve Genelkurmay Karargahı'nda görevli subayların sanık olmaları gibi gerekçelerle mahkemenin yetkisiz olduğunu belirterek, dosyanın Ankara ağır ceza mahkemesine gönderilmesine hükmetmişti.
Ergenekon davası sanıklarından bazılarının avukatları, kasım ayında yetkisizlik kararına "hukuka ve kanuna aykırı olduğu" iddiasıyla itirazda bulunmuştu. İtiraz dilekçelerinde, mahkemenin yetkisizlik kararının Yargıtay 16. Ceza Dairesi'nin bozma ilamına da aykırılık taşıdığı belirtilerek, davanın İstanbul'da görülmesi için mahkemenin yetkisizlik kararından dönülmesi talep edilmişti.
Talepleri reddeden İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi de dilekçeleri üst mahkeme sayılan İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi'ne yönlendirmişti. Bu mahkeme de itirazları kabul ederek, davanın İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülmesi kararını kesinleştirmişti.