İmam Muhammed Bakır'ın mevcut iktidara karşı açıktan bir çatışma yolundan uzak durmasının sebebini, insanların bilinç düzeyini dile getiren şu sözlerinde görmek mümkündür:

"Şimdi biz onları çağırırsak bizim çağrımıza cevap vermezler." 

Hicri 99 senesinde Emevi tahtına Ömer b. Abdülaziz çıktı. Onun kısa süren halifeliği döneminde özgürlükler arttı. Ömer b. Abdülaziz Fedek arazisini İmam Muhammed Bakır'a geri verdi.

İmam Muhammed Bâkır'ın, mevcut tavrını Ömer b. Abdulaziz'in dengeli siyaseti karşısında da sürdürdüğünü görüyoruz.

İmam, Ömer b. Abdulaziz ile mektuplaşmış ve bazı dönemlerde görüşmüştür. Ömer b. Abdulaziz ise kendisine saygı göstermiş, yanına çağırmıştır. İmam da bu çağrıya icabet ederek Şam'a gitmiştir.

Ömer b. Abdulaziz, O'nu görkemli bir törenle karşılamış, İmam Muhammed Bâkır da birkaç gün Şam'da kalmıştır. 

Yine Ömer b. Abdulaziz, ilmini denemek için İmam'a bir mektup yazmış; İmam da, ona öğüt ve nasihat içeren cevabî bir mektup yazmıştır. 

Esasen İmam Muhammed Bakır, Ömer b. Abdulaziz ve yönetimi ile ilgili görüşünü henüz o iktidara gelmeden evvel ortaya koymuştu.

"Ebu Bâsir şöyle rivayet eder:

Mescitte Ebu Câfer el-Bâkır'la beraberdim. Bu sırada Ömer b. Abdulaziz mescide geldi. Üzerinde sarıya boyanmış bir elbise vardı. Ve kölelerine yaslanmıştı.

İmam şöyle dedi: "Bu delikanlı ileride yönetime gelecektir. Adil bir görünüm sergileyecek, dört yıl bu şekilde yaşayacaktır. Sonra ölecek, dünya ehli onun için ağlayacak, gök ehli ona lanet edecektir."

Ebu Bâsir devamla şöyle diyor: "Ey Resulûllah'ın oğlu! Onun adaletinden söz etmedin mi?" Buyurdu ki: Hakkı olmadığı halde bizim yerimize oturdu." 

Burada şu hakikatin altını çizmekte fayda vardır:

İmam Muhammed Bâkır (ve Ehl-i Beyt imamlarının hepsi) her ne kadar çatışmadan uzak durma ilkesini benimsemiş olsa da, fikrî, ilmî ve imanî duruşundan asla taviz vermemiştir.

Ancak Halife Hişam, İmam Muhammed Bâkır'ın Medine'de de özgür hareket etmesine izin vermedi. 

İmam Bâkır işte bu şartlar altında 19 sene imamet görevini sürdürmüş, Hicret'in 114. yılında Zilhiccenin 7. günü Emevi halifesi Hişam b. Abdülmelik tarafından zehirlenerek şehit olmuştur.

İmam Muhammed Bâkır, vefatı yaklaşınca oğlu Câfer'i yanına çağırdı ve şöyle dedi:

"Bu gece bana vaat edilen gecedir."

Sonra oğluna İsm-i Azam'ı, nebilerin mirasını ve imamet silahını teslim etti. Ardından da şöyle buyurdu: "Ey Ebu Abdullah! Ehl-i Beyt'i sevenler hakkında Allah'ı gözet!"

Bunun üzerine İmam Câfer şöyle dedi: "Onları başkasına muhtaç bırakmayacağım." 

Şehit olacağı günün akşamı oğlu Câfer-i Sâdık'ı çağırarak şöyle demiştir:

"Bu gece, bu fâni dünyadan göçüp Sevgili Rabbime kavuşacağım. Biraz önce babamı gördüm, bana çok leziz bir şerbet verdi. İçtim. Bana, Rabbime kavuşacağım ve ebedî âleme göçeceğim müjdesini verdi."

Ertesi gün Bâki Mezarlığı'na İmam Zeynelabidin ile İmam Hasan'ın yanına defnedildi. 

İmam Bâkır oğlu Câfer'e malının bir kısmını (800 dirhem) ayırmasını ve on yıl boyunca kendisi için düzenleyeceği matem ve ağlama meclisleri için kullanılmasını emreder. Bu matem meclisinin yeri Mina çölü ve zamanı ise hac mevsimi olacaktır. 

(Bu vasiyet ileride pek çok insanın Ehl-i Beyt'in hakikatleriyle tanışması için bir vesile haline geldi. Bir manada İmam Bâkır'ın hayatı da, vefatı da cihat oldu).

İmam Câfer bu vasiyeti yerine getirdi.

Amr b. Ebu'l Mikdad şöyle anlatır:

"Zilhicce ayının dokuzuncu günüydü. Arefe günü. Hacılar, günün özel amellerini yerine getirmek üzere Arafat'ta mahşeri bir kalabalık oluşturmuşlardı. Müslümanların yaşadıkları bölgelerin doğal sözcüleri de bir yerde toplanmışlardı. Böyle bir yerde söylenecek doğru ve yerinde bir söz zamanın en geniş toplu iletişim şebekesini oluşturacaktı."

Amr şöyle devam eder:

"İmam Sâdık'ı gördüm. Gelip hacıların yanında durdu ve İslam dünyasının her noktasına ulaştırmak için oradaki herkesin duyabileceği şekilde üç kere mesajını tekrarladı. Başka bir yöne döndü ve aynı mesajını üç defa olmak üzere tekrarladı. Böylece İmam on iki defa aynı mesajı tekrarlamış oldu. İmamın mesajı şundan ibaretti:

"Ey insanlar! Allah'ın Resulü imamdı. Ondan sonra Ali b. Ebu Tâlib, ondan sonra Hasan, ondan sonra Hüseyin, ondan sonra Ali b. Hüseyin, ondan sonra Muhammed b. Ali..." 

Bu aynı zamanda İmam Câfer'in kendi imamlığını da ilan etmesi demekti. Daha ileriki bölümlerde açıklayacağımız gibi İmam Câfer her ne kadar hükümete karşı silahlı bir direniş içine girmemişse de, hükümetin Ehl-i Beyt'in hakkı olduğunu açıkça dile getirmekten kaçınmamıştır.

Ebu's-Sabah Kinanî'den şöyle rivayet edilmiştir:

İmam Câfer-i Sâdık şöyle buyurdu: "Bizlere itaat etmek Yüce Allah tarafından farz kılınmıştır. Enfal de bizimdir. Safv'ul mal da..." 

"Safv'ul mal", sultanların kendilerine has kıldıkları ve ihtiyaç sahiplerini mahrum bıraktıkları mallardır. İmam bu sözleri ile Enfal ve Safv'ul malın sahibi olarak kendini tanıtıyor. Bu şu demektir ki;

İslam toplumunun asıl hâkimi kendisidir. Mezkur mallar kendisine sunulmalıdır. Ve bu mallar İmam eliyle doğru alanlarda kullanılmalıdır. 

İmam Câfer pek çok sözünde kendinden önceki imamların isimlerini tek tek saymış ve onlara itaatin farz olduğunu açıkça beyan etmiştir." (Prof. Dr. Haydar Baş, İmam Cafer eserinden)