İmam Cafer ve babası Muhammed Bâkır, Medine'de Mescid-i Nebi'de Ehl-i Beyt'in ilim merkezini kurmuşlardır.

Câfer-i Sâdık bu medreseyi genişletmiş, bir üniversite haline getirmiştir. Bu dönem Emevi idaresinin yıkılıp, Abbasi Devleti'nin kurulma yıllarına denk geliyordu.

İslam dünyasının dört bir yanından insanlar bu merkezden istifade etmek için akın etmişlerdir. İmam Câfer-i Sâdık'ın mektebi Ehl-i Beyt Ekolü'nün temelini oluşturmuştur.

İmam Câfer'in medresesinin en önemli özelliklerinden biri, herkese açık olmasıydı. Burası her zaman farklı görüşteki ve anlayıştaki öğrencilere açık olmuştur.

Örneğin Ebu Hanife, bambaşka bir anlayışa sahip olmasına rağmen İmam Câfer'e gidip geliyor, kendisine sorular soruyor, ondan pek çok hadis rivayet ediyordu. 

Bu dönem İslam dünyasına felsefî ve kelamî birçok yabancı düşünce ve akımın hızla nüfuz ettiği bir dönemdi.

Eğer İmam Sâdık'ın ilmî hareketi olmasaydı, dinin hakikati ciddi şekilde tahrif olabilirdi. Böyle kritik bir ortamda Câfer-i Sâdık, yetiştirdiği öğrencileri İslam ülkesinin dört bir yanına göndermek suretiyle bu tahribatın önüne geçmiştir. Bu öğrencilerin sayısı dört bin civarındaydı.  

Bu medrese aynı zamanda İslami ve insanî ilimlerin pek çok alanına da açıktı. Kur'an, Sünnet, fıkıh, tarih, hukuk, akide, kelam gibi konular işlendiği gibi, tıp, zooloji, botanik, kimya ve fizik gibi bilimlere de önem verilirdi.

İmam Câfer Medresesi, Emevi veya Abbasi yönetimine bağlı olmadı. Her iki rejimin de siyaseti ile kirlenmedi. Devlete hizmet aracı haline gelmedi. Bu medrese hakikat peşinde olanların, o dönemin sapık fikir akımlarından kurtulmak isteyenlerin, düşünce boşluğu içinde olanların sığındıkları bir kale vazifesi görüyordu. 



İmam Câfer, ilmî çalışmalarında başlıca iki hedef gütmekteydi:

1- İmam kendi döneminde yaygın olan, daha önce de ifade ettiğimiz tevhide aykırı inançlara karşı İslam'ın tevhid inancını korumak için mücadele vermiştir.

Bu sebeple, tevhid konusundaki en cüz'i meseleleri bile açıklığa kavuşturmuş, böylece insanların kafasında hiçbir şüpheye yer kalmamasını hedeflemiştir.

Hişam b. Hakem gibi öğrencilerini İslam'ın tevhid inancını Cebir ve Tevfiz gibi sapkın düşünce akımlarına karşı savunabilsinler diye, kelam ve felsefe konusunda uzmanlaştırmış, münazara ve tartışma adabını onlara öğretmiştir.

İmam Deysanî ve İbn-i Evca gibi inkârcılarla fikrî mücadele yaparken, diğer yandan da, Ehl-i Beyt'e ilahlık sıfatlarını yakıştıran Gulat inancının takipçileriyle de uğraşıyordu.

2- İmam Sâdık'ın ikinci hedefi İslam dinini yaymak ve İslam'ı hakikatiyle ortaya koymaktı. Bu sebeple pek çok hadis rivayet etmiş, birçok fıkhî hüküm ortaya koymuştur. Öyle ki, ondan nakledildiği kadar hadis başka hiçbir Ehl-i Beyt İmamından nakledilmemiştir. Yine bu sebeple, onun hüküm ve ifadeleri Ehl-i Beyt mektebinin temelini oluşturmuştur.

İmam'ın üniversitesi, ilim, takva ve istikametin sembolü haline gelmişti. Burada okumak, insanlar arasında bir ayrıcalıktı. Burada Kûfe, Basra, Vasıt, Hicaz ve diğer illerden talebeler yetişiyordu. 

"... Muhammed Bâkır'ın döneminden itibaren, şartların müsait olması sonucu Ehl-i Beyt İmamları ders halkaları oluşturdular. Bu derslere zeki ve kabiliyetli kişiler katılıyordu.

İmam onlara, bazen babaları vasıtasıyla Resulûllah'tan, bazen de Ali'nin "Camia" adlı kitabından hadis rivayet ediyordu. Bazen de senedini zikretmenden hüküm beyan ediyor ve konuyu açıklıyordu.

Bu ders halkaları Câfer Sâdık zamanında daha da genişledi. Ve İmam'dan ders alan öğrencilerin sayısı dört bine ulaştı. Bu derslere katılan öğrenciler aldıkları hadisleri, "usul" diye adlandırılan küçük risalelere kaydediyorlardı."

Sonraki dönemlerde bu medrese genişledi. Kûfe, Basra, Kum ve Mısır'da şubeleri açıldı. İmam Câfer, bu medresedeki faaliyetlerini, toplumun ıslahı için yürüttüğü çalışmanın bir parçası olarak görüyordu. Burası sâlih bir bireyin yetişmesine yönelik önemli bir rol üstlenmişti.

İmam Câfer'in yaşadığı dönemde ilmî etkisi o derecedeydi ki, onun huzurunda ilim öğrenen ve hadis dinleyen insanların dört bin civarında olduğu tarih kitaplarında yer almaktadır. 

Hasan b. Ali el-Veşşa ise, bu dönemle ilgili Kûfelilerden bir gruba Kûfe Mescidi'ni kasederek şöyle diyordu: "Ben öyle bir zamana eriştim ki, bu camide takva ehlinden Câfer b. Muhammed şu hadisi buyurdu diyen dokuz yüz kişi gördüm." 

Şeyh Müfid İmam Câfer hakkında, "İslam âlimlerinin ondan naklettikleri hadis sayısı, onun hanedanının diğer fertlerinden nakledilmemiştir" diyor. 

Ehl-i Sünnet âlimlerinden Ebu Zühre şöyle yazar: "O hazretin ilmi sadece hadis ve İslam fıkhıyla sınırlı değildir. Kelam ilminde de ders veriyordu." 

Yirminci Yüzyıl Ansiklopedisi'nde şöyle yazar: "İmam Sâdık'ın öğrencilerinden Câbir b. Hayyan, İmam'ın risalelerini içeren bin sayfalık bir kitap yazmıştır. Bu risaleler beş yüz makaleden oluşmaktaydı." 

İmam Sâdık, bu ilimlerden farklı olarak ahlak-ı zemime ve ahlakı bozan nedenler hakkında da çok değerli bilgilere sahipti. 

Gerek Ehl-i Beyt, gerekse Ehl-i Sünnet âlimlerinden olsun İmam Câfer'den hadis nakledenlerin sayısı pek çoktur. Zehebî, İmam Câfer'den hadis nakledenlerin isimlerini "Siyer-ü Alamü'n-Nübela" kitabında zikretmiştir. 

İmam Câfer'in ilmî üstünlüğü o dönemin bütün uleması tarafından ittifakla kabul edilen bir hakikatti.

Ebu Zühre şöyle diyor: "İslam âlimleri, onca görüş farklılıklarına ve mekteplerinin değişik olmasına rağmen, İmam Sâdık'tan ve onun ilminden başka birisi hakkında ittifak etmemişlerdir." (Prof. Dr. Haydar Baş İmam Cafer eserinden)