Mustafa Kemal, Havza'daki gelişmelerden sonra Amasya'ya geçmiştir. O günün şartları Nutuk'ta şöyle anlatılır:

"Anadolu'ya geçeli bir ay olmuştu. Bu süre içinde bütün ordu birlikleriyle temas ve bağlantı sağlanmış, millet mümkün olduğunca aydınlatılarak dikkatli ve uyanık bir duruma getirilmiş, millî teşkilat kurma düşüncesi yayılmaya başlamıştı.

Genel durumu artık bir komutan ile yürütüp, yönetmeye devam imkanı kalmamıştı.

Yapılan geri çağırma emrine uyulmamış ve onu yerine getirmemiş olmakla birlikte millî teşkilat ve hazırlıkların yönetimine devam etmekte olduğuma göre, şahsen asi durumuna geçmiş olduğuma şüphe edilemezdi.

O halde yapılacak teşebbüs ve faaliyetlerin bir an önce şahsi olmak niteliğinden çıkarılması, mutlaka bütün bir milletin birlik ve dayanışmasını sağlayacak ve temsil edecek bir heyet adına olması gerekliydi." 

Türkiye Cumhuriyeti'nin temellerinin atıldığı, ulusal egemenlik ve tam bağımsızlık vurgusunun ilk kez yer aldığı önemli genelge Amasya'da hazırlanmıştır.

Bununla, İstanbul Hükümeti yok sayılmaktadır.

Rauf Bey, Refet Bey, Ali Fuat Paşa ile beraber düzenlenen, Kazım Dirik ve Hüsrev Gerede tarafından hazırlanan genelge daha sonra ilan edilmiştir.

Mustafa Kemal'in yaveri Cevat Abbas'ın anılarından, yazıldığı geceyi kısaca verelim:

"... Büyük Adam, Havza Camii'nde bütün millete, kurtulmak ve vatanı parçalatmamak için yapılacak vatanî ve millî ödevleri işaret ederek, milletleri bünyenin en büyük kuvveti olan birlik ve beraberliğe davet etmiş ve fiili müsellah (silahlı) harekete hemen geçmek maksadıyla Havza silah deposunun kapılarını halka açmakla teşkilata başlamıştır.

Havza'dan hareketimizden önce 20. Kolordu Kumandanı General Ali Fuat Cebesoy'dan, er kıyafetine girerek misafirleriyle birlikte Havza istikametine hareket etmesi bir şifre ile rica olunmuştu.

12 Haziran 1919 günü Havza'dan Amasya'ya hareket eden karargâhımız aynı gün akşamına doğru Amasya'ya vardı. Nacip (Soylu) ve fedakâr Amasyalılar, Atatürk'ü coşkun tezahüratla karşıladılar.

Havza'dan hareketimizden üç gün geçmemişti. Arandığım telefonda, 20. Kolordu Yaveri Üsteğmen, Bay İdris (Cura) kumandanının ve misafirlerinin Havza'nın 12 km cenubunda ve Havza-Amasya yolunun üzerinde bir noktada Müfettiş Paşa Hazretlerinin emirlerini beklediklerini haber veriyorlardı.

'Kumandanım, vakit geçirmeden Amasya'ya hareket etsinler. Nerede rastlarsan Fuat Paşa'yı, Rauf ve Süreyya Beyleri bizim otomobile al, emrini telefonda bekleyen yaver arkadaşa hemen bildirdim.'

(...) Vehip Paşa Değirmenleri denen mahalde muhterem General Ali Fuat Cebesoy ve arkadaşlarıyla karşılaşıldı. Atatürk'ün emri veçhile hareket edilerek Amasya'ya akşam başlarken dönüldü.

(.) 'İstanbul'da faaliyet ümitleriniz kalmadığı zaman bana mülaki olunuz' tavsiyesine riayet eden eski Bahriye Nazırı Albay Hüseyin Rauf Orbay'ın (Londra sefirimiz) Manisa ve havalisini ve oradan Ankara istikametindeki mıntıkaları tetkik ederek Atatürk'e mülaki oluşu (katılışı) Atatürk'ün hazzını katmerlendirdi.

Bay Hüseyin Orbay'a, Mutasarrıf İbrahim Süreyya Yiğit, Yüzbaşı Osman Nuri (General Osman Tufan) ve İhtiyat Zabiti Recep Zühtü Soyak (Zonguldak eski Mebusu) refakat ediyorlardı.

(.) Şimdi kesin hareket için Samsun'a çıkışımızdan Amasya'ya muvasalatımıza kadar geçen 23 günlük hadiseleri büyük bir salabet (manevî kuvvet) ve samimiyetle, saatlerce günlerce Atatürk arkadaşlarına izahta bulundu.

Kurmay Reisimiz Albay Kazım Dirik (Trakya Müfettişi merhum General Dirik) Sıhhiye Müfettişimiz Albay Doktor İbrahim Tali, Sıhhiye Müfettiş Muavini Yarbay Arif, Kurmay Binbaşı Hüsrev Gerede (Berlin eski Sefiri) Atatürk'te gördükleri necat ümitleriyle İstanbul'dan hareket etmişlerdi. Bütün kalpleriyle Atatürk'e bağlanmışlardı.

Şevket Turgut Paşa'nın emri kısa idi. 'Mühim bir meseleyi görüşmek ve bilahare avdet etmek üzere emrinizdeki gambotlardan biriyle İstanbul'a hareket olunması' mealinde idi.

8 Haziran 1919 günü öğleden sonra Yaver Bay Muzaffer Kılıç tarafından açılan bu şifreyi, öğle yemeğinden sora istirahate koyulan kumandanıma sunduğum zaman, emirde gizlenmek istenen tuzağı derhal görmüş ve bana, 'Ben bu şifreyi görmüş olmayayım. Kurmay Reisi'nden başlayarak arkadaşlara sıra ile göster. Alacağın cevapları olduğu gibi bana getir' emrini verdiler.

Yalnız Kazım Dirik, 'Olur, Paşa Hazretleri ile ikiniz gidersiniz. Biz sizi burada bekleriz' mütalaalarında bulundu. Diğer arkadaşlar umumiyet üzerine, 'Bu nasıl şey! Paşa'yı İstanbul'a kapamak istiyorlar' demişlerdi.

Atatürk'e arkadaşlarının mütalaalarını arz ettim. Atatürk manalı bir gülümseme ile 'Dikkat et Cevat! Kurmay Reisi ikimizi yalnız bırakıyor. Öyleyse arkadaşlar İbrahim Tali Bey'in odasında toplansınlar' emrini verdi.

(...) Bu tarihten itibaren başında Atatürk bulunan ve büyük fedakârlık duygularıyla birbirine bağlanan serbestçe kanaatler, bir komite haline gelmişti.

21-22 Haziran gecesi saat 9'da, kumandanımın 'kalem, kağıt alsın gelsin' emri ile çağrıldım. (.) Yaz bakalım:

'1- Vatanın tamamiyeti, milletin istikbali tehlikededir.

2- Hükûmet-i Merkeziye, deruhte ettiği mes'uliyetinicabını ifae edememektedir. (Merkez Hükûmet yüklendiği sorumluluğun gereğini yerine getirememektedir). Bu hal milletimizi madun tanıtıyor.

3- Milletin istiklalini yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır.

4- Milletin bu hal ve vaziyetini derpiş etmek (öne sürmek) ve sadayı hukukunu cihana işittirmek için her türlü tesir ve murakabeden azade bir heyet-i millîyenin vücudu elzemdir.

5- Anadolu'nun en emin mahalli olan Sivas'ta millî bir kongrenin serian akdi tekerrür etmiştir (kararlaştırılmıştır).

6- Bunun için tekmil vilayetlerin her livasından milletin itimadına mazhar olmuş üç murahhasın sürati mümküne ile yetişmek üzere hemen yola çıkması icap etmektedir.

7- Her ihtimale karşı bu keyfiyetin millî sır içinde tutulması ve murahhasları lüzum görülen mahallere seyahatlerinin mütenekkiren (kıyafet değiştirerek) icrası lazımdır.

8- Vilayet-i şarkıyye namına 13 Temmuz 1919 Erzurum'da bir kongre inikad edecektir. Mezkur tarihe kadar vilayet-i saire murahhasları (delegeleri de) Sivas'a varid olabilirlerse Erzurum Kongresi'nin azası da Sivas içtima-i umumisine dahil olmak üzere hareket edecektir.'

Atatürk'ün bana, 'Arkadaşlara ver, imza buyursunlar!' emrine karşı, Bay Hüseyin, Rauf Orbay imza buyurdular, General Ali Fuat Cebesoy huzuruna sunulan direktifi derhal imzalayarak, çekingen duran Albay Refet'e imza ettirdiler.

Atatürk, Kurmay Reisimiz Kazım Dirik'le Hüsrev Gerede de kurmay heyetinde tertip olunduğu şerefini esirgemediler." 

19 Mayıs'ta ateşlenen kurtuluş meşalesinin Amasya'da yakılmasında rolü büyük olan Abdurrahman Kamil Efendi'den bahsetmek gerekir.

Mustafa Kemal, gece Saraydüzü kışlasındaki misafirlik konusunda arkadaşlarına şunları anlatır:

"Geldiğimizde sizi karşılayanlar arasında sağ tarafta Amasya Müftüsü'nü gördünüz. Akşam yediğimiz iftar yemeği de evinden geldi. Samsun'a çıktığımdan beri mahallî din adamları, düşünce ve gayelerimize kalplerini ve imkanlarını açtılar. Halk da onlara inanıyor. Bu bizim manevî gücümüz." (Prof. Dr. Haydar Baş, Hoş Geldin Atatürk sh: 321)