Bu günlerde hastalığı şiddetli olmasına rağmen cemaatle namaz kılmayı terketmedi. Ancak son dört-beş gün, yalnız başına namaz kıldı. Duaları, tesbihleri, salavatları, zikri ve murakabeyi hiçbir eksiklik olmadan yapıyordu. Dinimizin ve hocalarının yollarının inceliklerinden hiçbirini terketmiyordu. Bir gece, gecenin üçüncü yarısında kalkıp abdest aldı. Teheccüd namazını ayakta kıldı ve; "Bu bizim son teheccüdümüzdür" buyurdu.
Vefatından biraz önce, kendinden geçme hali görüldü. Büyük oğlu, bu kendinden geçme halinin çokluğu, hastalığın şiddetinden mi, yoksa istiğrak (nurlara gömülme) sebebi ile midir, diye arzetti. Cevabında; "İstiğrak sebebi iledir. Çünkü, bazı çok yüksek haller görünüyor. Bunun için onlara teveccüh ediyorum, ta ki hepsini oldukları gibi görebileyim ve bunlarla her şeyim tamam ve kamil olsun" buyurdu. Bu derin sırlardan kısaca yüksek oğullarının kulaklarına fısıldadı. Bu kendinden geçme halinden kurtulunca, ciğeri yaralı, kalbi yanık talebelerine elveda sözünü hatırlatan, vasiyetlerin çoğu; Peygamberimize tabi olmaya teşvik, sünnete yapışma, bid'atten kaçınma, zikir ve murakebeye devam etme hakkında idi.
Nasihatlerin birinde; "Mezarımı belli olmayan bir yere yapınız" buyurdu. Yüksek oğulları arzettiler ki; "Bundan evvel, hazretinizin işareti ile ağabeyimizin defnedildiği, şerefli ve bereketli yer hakkında; "Benim mezarım orada olacaktır. Aynı yerde defnedileceğim" buyurmuştunuz. Bu gün de böyle buyuruyorsunuz." "Evet öyleydi. Fakat şimdi ben böyle istiyorum" dedi. Oğullarının, bunu kabul etme hakkında durakladıklarını görünce; "Eğer böyle yapmazsanız, şehrin dışında yüksek babamın yanına defnediniz. Bu da olmazsa, şehrin haricinde bir bahçede benim mezarımı yapınız. Süslemeyiniz. Olduğu gibi bırakınız ki, en kısa zamanda nişanı kalmasın" buyurdu.
Hazret-i İmam kendi kabirleri için buyurdukları iki üç yer hakkında, oğullarında bir duraklama, bir dikkat, hatta bir şaşkınlık görünce; "Hâl-i şerifiniz nasıldır babacığım?" diye arzetti. "İyiyim ve kıldığım o iki rekat namaz kafidir" buyurdu. Bundan sonra bir daha konuşmadı. Yalnız Allah-ü Teala'nın ismini söyledi ve biraz sonra da vefat etti. Peygamberlerin büyüklerinin çoğunun son sözleri namaz olmuştur. Bu hususta da Peygamberlerin Serverine tabi oldu. Vefatı 1624 (H. 1034) senesi, Safer ayının yirmi sekizi, güneş hesabı ile yirmi dokuzu, Salı günü kuşluk vakti vâki oldu.