Kapısına geldiklerinde, sevdiklerinden İsmâil Gazzî'yi yanına çağırıp iltifât etti. Kütüphânesinin önünde oturdu. Önceki vasiyetini ve nasihatını tekrar etti. "Çoluk-çocuğuma hoş nazarla bakınız. Seçtiğim vasîm Şeyh İsmâil Enârenî'dir. Benden sonra irşâd vazifesinde bulunacak seçtiğim talebemdir. Bu husûsu hiç kimse hatırında çıkarmasın" buyurup, İsmâil Gazzî'ye: "Bana kalemi ver, vakıf şartlarını yazayım" buyurdu ve mübârek elerine kalem alıp; "Bu kitapları Allah için vakfettim. Vakfımın şartları şunlardır" diyerek şartlarını yazdı. Sonunda da; "Bu yazılan şartlarla vakfettiğim kitaplarımın küçük bir tânesini de olsa değiştiren, noksanlaştıran kimseler üzerine; Allah'ın, meleklerinin ve bütün insanların lâneti yağsın" buyurdular. O esnada talebelerinden olan Hanefi mezhebi fıkıh alimlerinin büyüklerinden Seyyid Muhammed Emîn ibni Âbidin içeri girdi ve bazı sorular sordu. Mevlânâ Hâlid Hazretleri, her soruya cevap verdikten sonra da, hangi kitaplarda olduğunu söyledi ve bu arada; "Şu kitabı getirin" buyurdu. O kitaptaki delillerini de gösterdi. O zaman İbn-i Âbidîn Hazretleri; "Efendim! Dün gece rüyamda Hazret-i Osman'ın vefat etmiş olduğunu gördüm. Çok büyük bir kalabalık oldu. Cenâze namazını ben kıldırdım" diyerek rüyâsını anlattı. Mevlânâ Hâlid Hazretleri de; "Ey İbn-i Abidîn! Yakında ben vefat ederim. Sen de kalabalık bir cemâat ile cenâze namazımızı kıldırırsın, çünkü ben, Hazret-i Osman'ın evlâdındanım" buyurdu. İbn-i Âbidin bunu duyunca çok üzüldü ve rüyâsını anlattığına çok pişman oldu.
Daha sonra Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretleri, sevdiklerine şöyle vasiyette bulundu: "Muhammed Aleyhisselamın sünnetine uyunuz. Üzerinde bulunduğumuz doğru yol üzere olunuz. Karşılaşacağınız güçlüklere sabır ve tahammül gösteriniz. Bizim vefatımızdan daha büyük musîbet size ulaşmaz. Şekil ve şemâlimi sayarak, bağırıp çağırarak ağlamak sûreti ile, rûhuma zahmet vermeyiniz. Etrafa mektuplar yazarak, vefâtıma hiçbir kimsenin üzülmemesini ve ağlamamasını tenbih ediniz. Beni seven ve bana muhabbet eden, Allah rızası için kurban kesip sevabını benim ruhûma göndersin. Rûhuma Kur'ân-ı Kerim ve Fâtihalar, kıymetli dualar göndersin. Dünya sevgisi ile gönülleri dolanlar gibi sakın siz de; "Sadakaya muhtaç değilim. Ancak Fâtiha ve İhlâs-ı Şeriflere muhtâcım" demeyiniz. Benim için iyiliklerde bulununuz. Sadaka veriniz. Sizi bize yaklaştıracak işler işleyiniz. Ömrümüz elliye ulaşmıştır. Otuz beş senelik farzları iskat edersiniz. Ömrümüzde kuşluk ve teheccüd namazlarını diğer beş vakit farz namazlar gibi hiç terk etmedik. Ey İsmâil, talebe ve arkadaşlarımın kıymetini biliyorsun. Onlara sıkıntı verecek şeylerden sakın. Zannederim ki, yakın zamanda talebelerim için bir dergâh inşâ edilir."
Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretleri bu nasîhatleri yapıtğında, sıhhatlari ve âfiyetleri yerindeydi. Sonra evlerine girdiler. Uzun zaman evden çıkmadıkları görülünce, talabeler, evinin hizmetçisinden haber sorup, içeri girmek ve mübarek cemâlini görmek arzularını bildirdiler. İçeri girmemeleri hakkında haber gelince, talebeleri bir hüzün ve elem kapladı. Bir daha yanlarına girmemek şartı ile tekrar izin istediler. O zaman içeri girilmesine müsâade ettiler. İsmâil Efendi berâberlerinde olduğu hâlde, yirmi kişi huzurlarına girip, ziyârette bulundular. Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretleri, sağ yanlarına yatmış bir vaziyette murâkebe halindeydi. Hâl ve hatırları sorulunca, teşekkür ve iltifât olarak gözlerini açıp, fazla kalmamalarını ve fazla konuşmamalarını işaret ettiler. Talebelerinden İsmâil Efendi; "Efendim zât-ı alileriniz su isterler mi?" dedi. Mevlânâ Hâlid Hazretleri hâl ile; "Dünyâ ve içindekilerden vazgeçtim. Şu anda Hak ile meşgûlüm" demek istediler. Bu hâllere şâhid olanların hepsi, mübârek ellerini öpüp, titreyerek ve büyük bir şaşkınlık içinde dışarı çıktılar. Dışarıda başka talebeler ve sevenleri, Mevlânâ Hâlid Hazretlerinin hâlinin nasıl olduğunu haber almak için bekleşiyorlardı. Onlara gördüklerini anlattılar.
Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretleri, o gece yatsıdan sonra çoluk-çocuğunu yanlarına çağırdılar. Onlara hitâben; "Hepinize hakkımı helâl ettim. Birbirinizden ayrılmayınız. Vefâtınıza kadar bu evde kalınız" buyurdular. Abdest alıp bir miktar namaz kıldıktan sonra; "Şu anda tâuna tutuldum" buyurdular. Mübârek yüzleri sarardı. Sabahleyin de çoluk-çocuğuna dönerek tekrar; "Bundan sonra beni meşgûl edip benden bir şey istemeyiniz. Bir şey isterseniz vekîlimden isteyeniz. Beni Hak'la meşgul olmaktan alıkoymayınız. Hiçbir kimse ile sohbet etmek istemiyorum. Rabb'im ile meşgulum. Yanımda hiç kimse bulunmasın." Göz uçları ile kıbleye yönelip sağ yanı üzere yatarak, murâkebe ve Allah-ü Teala'nın kudretini tefekkürle meşgul olmaya başladı. Hastalığının şiddetinden; "Ah! Vah!" gibi sesler aslâ duyulmayıp, her azasından, hattâ mübârek saçlarından Hakk'ın zikrinin belirtileri görülüyordu. 1826 (H. 1242) senesi Şevvâl ayının yirmi altıncı gün müezzin ezân okumağa başladığında, Mevlânâ Hâlid Hazretleri Fecr sûresinin son âyetlerini okudu. Meâlen; "(Sonra Allah mü'min kimselere şöyle buyurur): "Ey (imânda sebât gösteren Allah'ı anmakta huzûra kavuşan) mutmainne olan nefs, dön Rabb'ine (Cennet'te sana hazırladığı nimetlere) sen O'ndan (sana verdiklerinden ötürü) râzı olarak. Haydi gir (salih) kullarımın içine. Gir Cennet'ime." Bu Âyet-i Kerimleri okuyup bitirdikten sonra, mübârek rûhları Cennet-i âlâya uçtu ve Allah-ü Teâlâya kavuştu.