Molla Gürânî, vefât ettiği 1488 (H.893) senesinin bahar mevsiminde bir bahçe satın aldı. Kışa kadar o bahçede kaldı. Vezîrler haftada bir bu bahçede ziyâretine gelirlerdi. Kış geldiğinde iyice hâlsizleşti. İstanbul'daki konağına göçtü. O günlerde bir sabah namazını kıldıktan sonra, kendisine bir yatak hazırlanmasını istedi. Yatak hazırlandı. Kuşluk namazını kıldıktan sonra kıbleye dönerek, sağ yanı üzerine yattı. O, gün kendisinden Kur'ân-ı Kerîmi, kırâat ilmini öğrenen hâfızların yanında toplanmasını istedi. Bu arzusu üzerine, talebelerine haber gönderildi. Onlar da yanına toplandılar.
Talebelerine; "Üstünüzde olan hakkımı ödeme zamânı bu gündür. İkindi vaktine kadar benim üzerime Kur'ân-ı Kerîm okumaya devâm ediniz, ikindiden fazla uzamaz" dedi. Hâfız talebeleri, Kur'ân-ı Kerîm okumaya başladılar. Vezîrler durumu öğrenince, yanına geldiler. Vezîrler arasındaki Dâvûd Paşa, Molla Gürânî hazretlerini çok sevdiği için, hâlini görünce dayanamayıp, ağlamaya başladı. Molla Gürânî onun ağladığını görüp; "Niye ağlar durursun ey Dâvûd!" dedi. Dâvûd Paşa; "Sizi böyle zayıf görünce kendimi tutamadım" dedi. Bunun üzerine; "Ey Dâvûd, kendi hâline ağla! Ben dünyâda rahat ve huzûr içinde yaşadım. Allah-ü teâlâdan ümîdim odur ki, ömrümün sonunda da, son nefeste de selâmet üzere olurum" dedi. Sonra vezîrlere dönüp; "Benden Bâyezîd'e (İkinci Bâyezîd Hana) selâm söyleyin ve deyin ki, adâlet üzere olsun, kulları himâye, beldeleri muhâfaza etsin. Namazımı bizzat kendisi kıldırsın ve borçlarımı, defnimden önce ödesin" dedi. Sonra; "Size vasiyetim olsun! Beni kabrin yanına koyunca, ayağımı tutun ve beni kabrin başına çekin, sonra kabre koyun" dedi. Öğle namazını îmâ ile kıldı. Sonra; "İkindi ezânı ne zaman okunacak?" dedi. İkindi vakti gelince, müezzinin ezan okumasını bekledi. Müezzin, Allahüekber diye ezân okumaya başlayınca, Molla Gürânî hazretleri; "Lâilâhe illallah" diyerek vefât etti.
Sultan İkinci Bâyezîd Hân, namazında bulundu ve borçlarını ödedi. Cenâze namazı çok kalabalık olup, İstanbul ahâlîsi onun vefâtından dolayı gözyaşı döktü. Cenâzesi kabrin başına getirilince, vasiyetine rağmen kimse ayağından tutup çekmeye cesâret edemedi. Cenâzesini bir hasır ile kabrin yanına çektiler ve kabre indirip defnettiler. Kabri, Aksaray-Topkapı arasındaki eski tramvay yolunun sol tarafında bulunan kendi yaptırdığı câminin önündedir.
Arapça kaynaklarda "Diyâr-ı Rûm'un Anadolu'nun âlimi" olarak zikredilen Molla Gürânî, kıymetli eserler yazmış olup, eserleri şunlardır: 1) Gayet-ül-Emâni fî Tefsîr-i Seb'il-Mesânî, 2) El Kevser-ül-Cârî alâ Riyâd-il-Buhârî; hadîs-i şerif kitaplarının en kıymetlisi olan Sahîh-i Buhârî'ye yazdığı şerhdir. 3) Şâtıbiyye Kasîdesi'nin Ca'berî şerhine güzel bir hâşiye yazmıştır. 4) Keşf-ül-Esrâr an Kırâat-il-Eimmet-il-Ahyâr, 5) Şerh-i Cem'ul-Cevâmi: Usûl-i fıkha dairdir. 6) Arûz ilmiyle ilgili bir kasîde.