Muhammed ilk halife Ebu Bekir'in oğludur. Annesi Umeys kızı Esma'dır. Esma, Hz. Ebu Bekir'in vefatından sonra Hz. Ali'yle evlendi. Oğlu Muhammed de üç yaşından itibaren Hz. Ali'nin evinde büyüdü. Ve O'ndan başkasının izinden gitmedi.

Hz. Ali O'nun hakkında şöyle buyurmuştur: "Muhammed, Ebu Bekir'in sulbünden, Benim oğlumdu."

Şeyh Tusi şöyle diyor: "Muhammed, Hz. Ali'nin vefalı ve sâdık dostlarındandı. Aynı zamanda Hz. Ali'nin Mısır valisiydi." 

Abdullah b. Sinan'ın rivayetine göre İmam Sâdık şöyle buyurmuştur:

"Kureyş'ten sadece beş kişi Hz. Ali'nin geçek savunucularındandı. On üç kabile ise Muaviye yanında yer almıştı. Bu beş kişiden biri temizliğini annesi Esma b. Umeys'ten almış olan Muhammed b. Ebu Bekir'di." 

Muhammed b. Ebu Bekir, Cemel Savaşı'nda Hz. Ali'nin ordu komutanlarındandı. Cemel vakası Hz. Ali'nin zaferiyle son bulunca Hz. Ali derhal Muhammed'i Hz. Aişe'nin yanına göndererek, "Kız kardeşinin yanına git ve onu koru" buyurdu.

Daha sonra Hz. Ali, Hz. Aişe'yi kardeşi Muhammed'e emanet ederek, güvenli bir yere götürmesini emretti. Muhammed b. Ebu Bekir kardeşini Ben-i Half'in evine götürdü.

Muhammed o eve giderken yaşadıklarını şöyle anlatıyor:

"Aişe, Hz. Ali'nin onca merhamet ve affına rağmen sürekli bana ve Ali'ye lanet ediyor, kendi askerlerini rahmetle anıyordu." 

Hz. Ali, Muhammed b. Ebu Bekir'i Mısır'a vali olarak tayin etti. Ve şöyle bir emirname yazarak kendisine verdi:

"Ey Muhammed! Bil ki seni askerimin en fazla olduğu Mısır'a vali olarak gönderiyorum. Bu sebeple ömründen bir saat kalmış olsa bile nefsine şiddetle karşı durman, dinine sarılıp bağlanman sana farz olmuştur.

Halkından birini memnun etmek için Allah'ı gazaplandırma. Çünkü Allah'ın hoşnutluğu her şeyin yerini tutar. Lakin hiçbir şey Allah rızasının yerini tutamaz.

Namazı belirlenen vakitte kıl. Hiçbir işin yokken öne alıp acele etme, meşgulken de geciktirme. Yapacağın her işin namazına bağlı olduğunu bil." 

Muhammed b. Ebu Bekir Mısır'da göreve başladıktan sonra Hz. Ali'ye bir mektup yazarak bir takım helal ve haramlar hakkında sorular sordu. Hz. Ali de Muhammed'in mektubunu aldıktan sonra kendisine altın değerindeki tarihî mektubunu yazdı.

Hz. Ali'nin mektubundan bazı bölümler şöyledir:

"Takvaya davet

Sizi Allah'tan korkmaya ve hesaba çekileceklerinizle amel et-meye davet ediyorum. Sizler huzuruna çıkacağınız Allah'ın esirlerisiniz.

Ey Allah'ın kulları! Bilin ki, yüce Allah küçük büyük her şeyden sizleri hesaba çekecektir. Eğer bize azap ederse bu kendi zulmümüzden ve isyanımızdandır. Ve eğer merhamet ve affederse, O'nun yüceliği ve geniş rahmetindendir.

Ey Muhammed! Bil ki en güzel ve hayırlı takva Allah'a itaat etmek ve dinle ameldir. Aşikarda ve gizlide işlerinde takvalı ol, Ben seni yedi şeye davet ediyorum:

1- Allah'tan kork ve Allah yolunda kullardan korkma.

2- Sözlerin en üstünü amelle desteklenendir.

3- Mahkemelerinde çelişkili ve değişik hükümler verme ki bu senin işini zorlaştırır.

4- Kendi nefsine beğendiğini başkalarına da iste, kendine reva görmediğini başkaları için de reva görme.

5- Hal ve hareketlerini ıslah et ve her zaman Hakka yönel.

6- Allah yolunda kınayıcıların kınamasından korkma.

7- Seninle meşveret edenin yardımına koş ve hayrını düşün.

Ey Muhammed! Namazları nasıl kılıp edâ ettiğine dikkat et. Zira sen halkın cemaat imamısın. Namazı eksiksiz ve tam vaktinde kıl, çünkü cemaat namazındaki eksiklik ve fazlalık cemaat imamının üzerinedir.

Cemaatin namazı kâmil ve doğrudur. Namazını kıl ki sen de cemaat gibi sevap ve mükafat elde edesin."  

Muhammed b. Ebu Bekir'in şehadeti

Sıffin Savaşı'ndan sonra Muaviye halifeliğini ilan ederek Şam'dan ve diğer bölgelerden biat alıyordu.

Mısır da güçlü bir bölgeydi. Muaviye, Kureyş'in büyükleriyle meşveret ederek, Mısır'a saldırma kararı aldı. Bu iş için de Amr b. As komutasında 6 bin kişilik bir orduyu Mısır'a gönderdi. 

Amr b. As Mısır'a saldırdı. Ne yazık ki askerleri, Şam ordusu karşısında Muhammed b. Ebu Bekir'i yalnız bırakarak etrafından dağıldılar. Muhammed şehir dışındaki bir mağaraya sığındı.

Ancak onun fazla yaşamasına izin vermediler. Muaviye'nin askerlerinden Hudeyc, Muhammed'in kafasını kılıçla keserek öldürdü. Başsız bedenini de ölmüş bir eşeğin karnına koyarak yaktı. Muhammed b. Ebu Bekir hicri 38 yılında 28 yaşında şehit edildi. 

Bu kişiler Hz. Ali'nin ve Ehl-i Beyt'in en yakın dostları ve savunucuları idiler. Hz. Ali hayatının son dönemlerinde bu dostlarının hasretini çekmekteydi. Onlar hakkında mescitte şunları söylüyordu:

"Sıffin'de kanları dökülen kardeşlerimiz bugün yaşamadıkları, lokmalar yutmadıkları ve su içmedikleri için zararda değildirler. Allah'a yemin ederim ki, onlar Allah'a kavuştular. Ve Allah onların mükafatlarını eksiksiz vermiş, onları yaşadıkları korkulardan sonra güvenlik yurduna koymuştur.

Nerede yola dizilen ve hak üzere yürüyen kardeşlerim? Nerede Ammar? Nerede İbn Teyhan? Nerede Zü'ş-Şehadeteyn? Nerede onlar gibi samimi bir niyet üzere ahidle- şen ve günahkârlara karşı başlarını ortaya koyan yiğitler?..."

İmam sonra elini yüzüne koydu ve ağladı, "Ah! Kur'an oku-yan, O'nu sağlam ve doğru şekilde anlayan, farzları araştırıp ikame eden, Sünneti diriltip bidati öldüren, cihada davet edilip davete icabet eden, lidere güvenip itaat eden kardeşlerim?" (Prof. Dr. Haydar Baş İmam Ali eserinden)