Memleketin ve milletin bütün meseleleriyle uğraşmaya hayatını adayan Mustafa Paşa, milletin maruz kaldığı musibetlerden büyük üzüntü duymakta ve bizzat uğraşarak yaraları sarmaya çalışmaktadır. Nitekim, Nisan 1640'da Galata'da yangın çıktığını haber alınca yangın mahalline koşmuş ve yangını söndürmek, alevler arasında kalanlara yardım etmek için hayatını hiçe sayarak yangının içine dalmış, yardıma muhtaç insanların kurtulmalarına vesile olmuştur. Fakat bu yangındaki çalışmaları esnasında kendisinin de yüzü yanmıştır.Anadoludaki zorbaların hadlerini bildiren, isyanları bastıran Kemankeş Mustafa Paşa daha sonra büyük bir gayretle Devletin malî meselelerini ele almış ve ilk planda devletin dış borçlarını ödemeye uğraşmıştır. Almış olduğu tedbirlerle vergilerin muntazam toplanmasını temin etmiş, bozuk akçe yerine yeni sikke kestirerek paranın değerini arttırmıştır.Alım ve satım fiyatlarını kontrol altında bulundurmuş, tüccar ve esnafa sağlam para verildiğinden, piyasada bolluk ve ucuzluk temin edilmiştir.Kemankeş Mustafa Paşa'nın gayretleri kısa zamanda karşılığını vermiş ve devletin geliri masrafı karşılar duruma gelmiştir. Hatta büyük meblağlar da devlet hazinesine kâr kalmıştır.Durup dinlenmeden çalışan Mustafa Paşa'nın gayretleri neticesinde memlekette bir huzur, refah ve bolluk devri yaşanmış, devlet idaresi düzene girmiş, devletin itibarı gittikçe artarak eski haşmetli dönemlere benzer bir devir açılmıştır. Fakat ne yazık ki, Erbab-ı kemali çekemeyen, kötü karakterli kişiler Kemankeş Mustafa Paşa aleyhinde entrikalar çevirmeye başlamışlar, neticede de emellerine ulaşmışlardır.Bu değerli devlet adamı 22 Şubat 1644'te padişaha suçsuz olduğunu ve aleyhine hile dolapları çevrildiğini anlatmışsa da bir türlü dinletememiş ve üzüntü içerisinde evine geldikten sonra evinin kuşatıldığını görmüş, bunun üzerine bostancılarla vuruşmaya başlamış, fakat yakalanarak eli kolu bağlı olarak Cellat Kara Ali'ye teslim edilmiştir. Kara Ali de Kemankeş Mustafa Paşa'yı Hocapaşa çarşısında Sebilhane önünde boğmuştur. Cenazesi kendi medresesi yanındaki türbesine defnedilmiştir.Kemankeş Mustafa Paşa, büyük bir devlet adamı ve hayırsever bir zattır. Muhtelif yerlerde camiler, medreseler, çeşmeler, hanlar yaptırmıştır. Ka'be'nin su yolunu genişletmiş ve her sene Haremeyn fakirlerine 2500 sikke göndermiştir.Bu büyük devlet adamı vefatından sonra unutulmamış ve değerli edibler, âlimler eserlerini kendisine ithaf etmişlerdir. Kardeşi, mevlevi şairlerinden Osman Dede "Gülşen-i İrfan" isimli eserim, Kara Çelebi-zâde Abdül'aziz Efendi "Zafernâme" sini ve Serezli Şeyh Habib Efendi Zade Abdurrahman Efendi, "Nahlistân-ı Tarab fi mahâsîn-i arzi'1-Arab" isimli Mısır tarihini Mustafa Paşa'ya ithaf etmişlerdir.Türbesi yıkılsa da mezan yok edilse de Kemankeş Mustafa Paşa ve emsali büyükler gönüllerde yaşamaya devam edeceklerdir.