Resûlullah'ın hicretinde Hz. Ali önemli bir rol üstlenmiştir.

Hz. Muhammed (s.a.a), ashâbının çektiği ezayı görüp onlara, Habeş diyarına göçmek üzere izin verdi. Ebû Tâlib oğlu Ca'fer'le yetmiş kişi, Habeş ülkesine sığındı. Bu yüzden Hz. Muhammed (s.a.a), Mekke'de pek yalnız kaldı. Medine'ye göçmeyi kararlaştırdı. Ashabına da, Medine'ye göçmek için izin verdi. Sahabe, birer-ikişer Medine'ye göçmeye başladı. Hz. Muhammed (s.a.a), büsbütün yalnız bir duruma düştü. Tam bu sırada, müşrikler, bu işi kökünden halletmek için 'Dârü'n-Nedve'de toplandılar. Kureyş ulularından Ebû Cehil, Âs oğlu Hakem, Ebû Leheb, Halef oğlu Ümeyye, Halef oğlu Übeyy, bu toplantıda bulunanlardandı. Hz. Muhammed'i öldürme hususunda her biri bir söz söyledi. Nihayet Ebû Cehil, "Her kabileden bir yiğit seçelim, gece karanlığı basınca hep birden evine girip üstüne saldırsınlar. Öldürülünce Hâşimoğulları, kim öldürdü diye sordukları vakit hepsi birden, biz derler. Kanı, bütün boyların boynunda kalır, bütün boylarla savaşamazlar, diyete razı olurlar" dedi. Bu görüşü kabul ettiler.

Hz. Muhammed (s.a.a) o gece Hz. Ali'yi çağırdı. "Bu gece Rabbimin emriyle Mekke'den göçeceğim ve Sevr mağarasında gizleneceğim, sen de Benim yatağımda yatacaksın, ne dersin" buyurdu. Hz. Ali, bu sözü duyunca gülümseyerek, yere kapandı, şükür secdesini yerine getirdi. Secdeden kalkınca memnuniyetle, "Gözüm, kulağım, yüreğimin başı sana feda olsun, dilediğini yap, başarım, ancak Allah'tandır" dedi. Hz. Muhammed, "Yatağıma yat, hırkamla örtün; sana haber vereyim ki yâ Ali, Allah, dostlarını, imanları derecesince sınar. İnsanlar içinde, uğradığı belalar, en çetin olanlar, peygamberlerdir, sonra onların vasileridir, sonra onlara uyanlar ve uyanlara benzeyenler derde uğrar. Ey amcamın oğlu, Allah, İbrahim peygamberi nasıl İsmail'i kesmeye memur ederek sınadıysa, Beni de seninle sınamakta. Sabret, çünkü şüphe yok ki Allah'ın rahmeti, iyilik edenlere pek yakındır" buyurdu. Onu kucakladı, göğsüne bastı, ağlamaya başladı. Hz. Ali de, Peygamber'den ayrılacağından dolayı ağlıyordu.

Hz. Muhammed, emanetlerinin sahiplerine verilmesini emredip, "Kızım Fâtıma'yı sana, seni de Rabbime emanet ediyorum, yazımı bekle, yazım gelince burada kalanlarla beraber, sen de göç, Bana ulaş" buyurdu.

Tanyeri ağarmak üzereydi, suikastçılar Peygamberin evine hücum ettiler. Saldıranların başında Mugıyra oğlu Velîd'in oğlu Hâlid vardı. Hâlid, Hz. Ali'ye saldırınca Hz. Ali kalkıp onun elini tuttu, büküp kılıcını aldı, gelenleri önüne katıp evden çıkardı. Sonra Hz. Peygamber'i arama derdine düştüler, Hz. Ali'yi bıraktılar.

Resûlullah (s.a.a.) Kubâ'ya varınca Hz. Ali'ye bir mektup yazdırıp Ebû-Vâkıd'ül-Leysî ile gönderdi. Hz. Ali, mektubu alınca hazırlandı, Mekke'de bulunan Hz. Fâtıma'yı, anası Esed kızı Fâtıma'yı ve Abdülmuttalib oğlu Zübeyr'in kızı Fâtıma'yı aldı. Hz. Ali, yanındakilerle beraber Kubâ'da, Hz. Resûlullah'a ulaştı. Oradan beraberce Medine'ye göçtüler.