Kupada, önceki gece oynanan ikinci ön eleme turu rövanş maçlarının ardından, gruplar şekillendi. Galatasaray Cafe Crown'un ikinci ön eleme turunda elenmesinin ardından, Türkiye'den Beşiktaş Cola Turka ve Türk Telekom'un yer alacağı FIBA Erkekler Avrupa Kupası'nda 8 grupta toplam 32 takım mücadele edecek. (C) Grubu'nda yer alan Beşiktaş, Rusya'nın Khimki, Fransa'nın Le Havre ve Oktay Mahmuti'nin antrenörlüğünü yaptığı İtalya'nın Benetton Basket Tamoil takımlarıyla karşılaşacak. Türk Telekom ise Yunanistan'ın Aris ve Panellinios ile İsrail'in Bnei Hasharon takımlarıyla (D) Grubu'nda yer alacak. Beşiktaş Cola Turka ilk maçını 25 Kasım 2008 tarihinde evinde Benetton ile oynayacak. Türk Telekom da aynı gün deplasmanda Bnei Hasharon ile karşılaşacak.