İki ülke arasındaki ilk iki savaş, Keşmir yüzünden 1948 ve 1965'teçıktı. 1971'deki savaş ise Pakistan'a bağlı Doğu Pakistan Eyaleti'nin bağımsızlığa kavuşup Bangladeş devletinin tarih sahnesine çıkışıyla sonuçlandı.
1947-1948: Bağımsızlık sırasında iki ülke arasındaki anlaşmazlığın odağında bulunan Keşmir'deki Hindu Mihrace, halkının çoğu Müslüman olan bu toprakların Hindistan'a bağlanmasından yana tercih koydu. Bu karar, 1947'de iki yeni devlet arasındaki ilk sorun olarak tarihe geçti. Bu ilk sorun, BM girişimiyle 1 Ocak 1949'da tatlıya bağlandı ve ateşkes ilan edildi.
Bunun ardından imzalanan anlaşma uyarınca Keşmir eyaleti ikiye bölündü: yüzde 37'si Pakistan'a (AzadKeşmir) yüzde 63'ü de Hindistan'a (CammuKeşmir) bağlandı. BM kararlarına göre bölgenin kendi kaderini tayin etme hakkıyla ilgili bir referandum düzenlenmesi gerekiyordu, ancak bu hiçbir zaman gerçekleşmedi, çünkü Hindistan, Pakistan'ı birliklerini bölgeden çekmemesiyle anlaşmanın şartlarından birini ihlal etmekle suçladı.
1965: 5 Ağustos'ta Keşmir sorunu, 1000 kadar partizanın ortalığı karıştırmasıyla yeniden alevlendi. Birkaç ay süren bu savaş, Ocak 1966'da, o dönemde SSCB topraklarında bulunan bugün ise Özbekistan'ın başkenti olan Taşkent'te, Sovyet Başbakan Aleksi Kosigin himayesinde dönemin Pakistan Devlet Başkanı Eyüp Han, Hindistan Başbakanı Lal Bahadır Şastri'nin katılımıyla yapılan görüşmede sona erdi. Ancak askeri eylemlerden vazgeçilmesini öngören anlaşma, Keşmir sorununu çözmeye yetmedi.
16 Aralık 1971: Hindistan ile Pakistan arasındaki üçüncü savaşınkökeninde, Bengal direnişinin Bangladeş Cumhuriyetini ilan ederek, Doğu Pakistan'dan ayrılması yatıyordu. Merkezi hükümet buna sert bir karşılık verince, 10 milyon Bengalli Hindistan'a iltica etti. Bunun üzerine, Yeni Delhi yönetimi 3 Aralık'ta Pakistan'ın doğusunu işgal ederek, İslamabad yönetimiyle savaşa girdi. Hindistan ordusu kısa sürede Pakistan kuvvetlerini ezip geçti ve bağımsız Bangladeş'e başkent olacak Dakka'yı kuşattı.
Bugüne kadar Hindistan Pakistan'ı ayrılıkçı Müslüman militan grupları desteklemekle suçladı. 1999'da ise sınırda meydana gelen çatışmalar artık göndelik yaşamın bir parçası haline gelmeye başlamıştı.