İmam Cafer, Mufaddal adlı öğrencisine hayvan bilimi hakkında şunları söylüyor:

"Ey Mufaddal! Hakim ve Kâdir olan Allah'ı tedbiri üzerinde düşün. Yırtıcı hayvanlarla, av hayvanlarına bir bak. Onlara nasıl keskin ve sivri dişler verdiğini, sağlam ve sert pençeler ve büyük ağızlar verdiğini ve bunların, onların dünyasıyla ne kadar uyumlu ve yerinde olduğunu gör. Keza, etobur olan avcı kuşlara gayet uygun gagalar ve pençeler vermiştir.

Eğer Yüce Allah, otla beslenen hayvanlara bu pençeleri vermiş olsaydı, ihtiyaçları olmayan bir şey vermiş olacaktı onlara.

Çünkü onlar avlanmaz ve et de yemezler! Yırtıcı hayvanlara da geniş tırnak vermiş olsaydı, onlara hiç yaramayacak ve avlanmak için ihtiyaçları olan silahı onlardan esirgemiş sayılacaktı!

Yüce Allah'ın, bu iki tür hayvan grubuna, onların yaşamlarını sürdürebilmeleri için en uygun şeyleri verdiğini ve her birini, ihtiyacı olan şeyle donattığını görmez misin?

Dört ayaklı havyaların yaradılışına bak ve dünyaya geldikten hemen sonra annelerinin peşinden nasıl gittiklerini ve insan yavrusu gibi tutulup kaldırılmaya, eğitilip yetiştirilmeye hiç ihtiyaçları olmadığını gör.

Çünkü insan annesinin, çocuk eğitimi ve bakımı konusundaki bilgisi ve keza bunları yerine getirebilmek için gerekli olan geniş avuçlu ve uzun parmaklı eller gibi gereçlere, dört ayaklı hayvanların anneleri sahip değildir.

Bu nedenledir ki, Yüce Allah, dört ayaklı hayvanların yavrularına, dünyaya gelir gelmez, hiçbir eğitimci ve bakıcıya gerek kalmaksızın büyüyüp gelişmesini ve kendisi için en doğru olanı yapabilecek kapasiteye kavuşarak kemâle ermesini mümkün kılmıştır.

Tavuk, keklik, sülün vb. türden birçok kuşun civcivleri yumurtadan çıktıktan birkaç saat sonra yürümeye ve yem arayıp yemeye başlar.

Yumurtadan çıktıktan sonra bu kabiliyeti taşımayan ve büyüyüp gelişmesi zaman alan güvercin türü zayıf kuşların civcivleri içinse, Yüce Allah başka bir tedbirde bulunmuş ve onların annelerine civcivlerine karşı daha fazla şefkat ve sevgi duygusunun yanı sıra, bir de kursak vermiştir.

Güvercin, kursağında biriktirdiği yemi getirip yavrusunun ağzına döker ve kanatlanıp yuvadan uçuncaya kadar onu böylesine sevgiyle besler.

Bu nedenle de, Yüce Allah, bu tür kuşlara, tavuk türlerindeki gibi fazla civciv vermez. Böylece güvercin, az sayıdaki yavrularını besleyebilir ve onların telef olmasını engeller.

Gördüğün gibi, Allah Teala her biri için gerekli olan en uygun tedbiri takdir etmiş, onları en güzel yaradılışla yaratmıştır."

İmam Câfer karınca kolonisi hakkında şöyle buyurmaktadır:

"Karıncalara, yiyecek toplamak için seferber oluşlarına ve yiyecekleri hazırlayışlarına bak!

Bir grup karınca tıpkı yiyeceklerini ve başka şeyleri güvenli bir yerde depolayan insanlar gibi tahıl tanesini suyun erişemediği tümsek yerdeki yuvalarına taşırlar.

Hatta karıncalar, bu hususta kararlılık ve çalışkanlık bakımından insanlardan daha ileri düzeydedirler. Tıpkı insanlar gibi çalışırken birbirlerine yardım ettiklerini görmedin mi? Sonra yuvalarına getirdikleri tahıl tanesini bozulmaması için keserler."

(Not: Karıncalar depoladıkları tahıl tanesinin toprakta tekrar yeşermesinden korktukları zaman onu ikiye bölerler. Kişniş otunun tohumu gibi bazı taneleri ise dörde bölerler. Çünkü kişniş otunun tohumu ikiye bölündüğünde tekrar yeşerebilir).

"Şayet tahıl taneleri nemlenirse, dışarı çıkarırlar ve kuruması için sererler. Ayrıca karıncalar bir tümseği yuva olarak edindikleri zaman su baskınına uğrayıp boğulmamak için mutlaka yere yayarlar.

Bütün bunları akılları ve deneyimleri olmadan yaparlar. Asılında onları böyle davranmaya sevk eden şey, yüce Allah'ın bir maslahata yönelik olarak onları bu şekilde yaratmış olmasıdır." 

İmam Cafer aynı zamanda botanik bilimi, astronomi, kimya, fizik ve bitkisel ilaç türleri gibi ilim dallarının tümü hakkında da bilgiler vermiştir. 

İmam'ın her bir öğrencisi farklı bir alanda uzmanlaşmıştı. Kelam ilminde Hişam b. Hakem, Hişam b. Sâlim, Mü'min et-Tak, Muhammed b. Abdullah et-Tayyar ve Kays el-Mâhir öne çıkıyordu.

Fkıh, fıkıh usulü ve Kur'an-ı Kerim tefsiri alanında ise Zürare b. Ayen, Muhammed b. Müslim, Cemil b. Derrac, Bureyd b. Muavi- ye, İshak b. Ammar, Abdullah el-Halebî, Ebu Bâsir, Eban b. Tağlib, Fudayl b. Yesar, Ebu Hanife, Mâlik b. Enes, Muhammed b. Hasan eş-Şeybanî, Süfyan b. Uyeyne, Yahya b. Said ve Süfyan es-Sevri... uzmanlaşmıştı." (Prof. Dr. Haydar Baş İmam Cafer eserinden)