Sanıklar hakkında, Van Cumhuriyet Savcılığı tarafından daha önce hazırlanan iddianamede, "Devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmaya yönelik eylemde bulunmak, adam öldürmek ve adam öldürmeye teşebbüs etmek ile suç işlemek için anlaşmak" suçlarından iki kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezaları istenmişti. Sanık avukatlarınca mahkemeye sunulan, Şemdinli'de 9 Kasım'da meydana gelen patlamadan sonra yaşanan olaylarla ilgili televizyonlarda yayınlanan görüntülerin CD'si izlendi. Sanık avukatlarından Vedat Gülşen, görüntülere dayanarak jandarma görevlilerine ait aracın başında hiçbir güvenlik görevlisinin bulunmadığını söyledi.
Araçtaki silahların çevredekiler tarafından çuvallara konularak götürüldüğünün ve istihbarat evraklarının yerlere serildiğinin görüldüğünü savunan Gülşen, Şemdinli Cumhuriyet Savcısının keşfinde siyah renkli evrak çantasından çıkan el bombalarının, olaydan sonraki ilk görüntülerde yer almadığını ifade etti. Gülşen, çantada sadece evrak ve dosyaların bulunduğunu, el bombalarının olmadığını anlattı.
Jandarmanın tutanaklarında yer alan hücum yeleği ile yeleğin cebinde bulunan MKE yapımı 2 adet el bombasının olaydan kısa süre sonra ortadan kaybolduğunu savunan Gülşen, cumhuriyet savcısının güvenlik gerekçesiyle olaydan 9 saat sonra yaptığı keşfe kadar Alman yapımı el bombalarının terör örgütü yandaşları tarafından evrak çantasına bırakıldığını iddia etti.
Duruşmada, müdahil avukatlarından Ayhan Çabuk, "olayın faillerinin yasadışı silahlı bir örgüt kurduğu, JİTEM ve benzeri yasadışı yapılanmaların bölge halkı üzerinde baskı oluşturduğu" iddialarının yer aldığı Van Cumhuriyet Başsavcılığına sunulan 10 sayfalık dilekçeyi mahkemede okudu. Çabuk, olayı yapanların 2 astsubay ve bir itirafçıdan ibaret olmadığını ileri sürerek, asıl faillerin bulunarak, yargılanmasını istedi.
Zaman zaman müdahil ve sanık avukatları arasında gergin anların yaşandığı duruşmada, müdahil avukatları, "devlete ait helikopterle sanık avukatlarının taşındığını" söyleyerek, buna tepki gösterdi.
Müdahil avukatlarının, "Van savcısına sahip çıkılsaydı, Danıştay'daki saldırı gerçekleşmezdi" yönündeki sözlerine sanık avukatları, davanın "çerçevesi dışına taşırıldığı, Danıştay saldırısı ve Susurluk olaylarına yönlendirilmeye çalışıldığı" şeklinde itiraz etti.
Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararı doğrultusunda müvekkilleri Seferi Yılmaz'ın telefon görüşmelerinin takibe aldığını söyleyen sanık avukatları, kararın yasal olduğunu belirtti.
Sanık avukatları, "bombalama eylemlerinin devlete mal edilmesinin geleneksel hale geldiğini" savundu. Avukatlar, sanıkların beraatını talep etti.
Duruşmada, daha sonra Savcı Metin Dikeç, soruşturmanın genişletilmesine gerek kalmadığını belirterek, sanıkların tutukluluk hallerinin devamına karar verilmesini istedi.
Esas hakkındaki mütalaasını da okuyan Savcı Metin Dikeç, sanıklar Astsubay Başçavuş Ali Kaya, Özcan İldeniz ile itirafçı Veysel Ateş'in "silahlı örgüte üye olmak, tasarlayarak adam öldürmeye teşebbüs etmek, olası kastla adam öldürmek ve olası kastla adam yaralamak" suçlarından 50'şer yıl hapis cezasına çarptırılmalarını talep etti.
Sanıkların tutukluluk hallerinin devamına karar veren mahkeme heyeti, duruşmayı 13 Haziran 2006 tarihine erteledi.