Mevlânâ Hâlid-i BağdâdiHalil Efendi hacdan sonra bizi bulamazsınız buyurmasının hikmetini anlayamayıp Hicaz yoluna koyuldu. Mekke-i Mükerremeye geldi. Kalabalık bir topluluğun cenaze namazı kıldığını ördü. Onlara; "Ortada cenâze yok. Kimin namazını kılıyorsunuz?" diye sordu. Onlar da "Şam-ı şerifte Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretleri vefat etti. Onun namazını kılıyoruz" cevabını verdiler. Bu vefat haberini alınca, Halîl Efendi kendine geldi. Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdî Hazretlerinin kerâmetini anladı. Haccı edâdan sonra, Şam'a oradan da İstanbul'a gitti. Üsküdar'a geldiğince kabristanlığın kenarında mektubu veren zâtı gördü. O zât Halîl Efendi'ye; "Efendim! Siz mektbu verdiniz,bizim de işimiz oldu" deyip, kabristanlığa doğru uzaklaştı.

Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdî, bir sohbeti sırasında talebelerine ve sevenlerine buyurdu ki:

"Size sünnet-i seniyye yapışmanızı; cahiliye âdetlerinden ve pek aşağı olan bid'atlerden sakınmanızı; gösterişe kapılmamanızı; halktan, bedeni beslemeye çok ehemmiyet verenlere, kendilerinden bir şey beklemek sûretiyle makam ve mevkî sahipleri ile görüşmeyi terk etmenizi tavsiye ederim. Çünkü bu şekilde onlarla görüşmek, onların lekelendiği şeylerle sizin de lekelenmenize sebep olur. Yapmak mecburiyetinde olduğunuz iki bozuk işle karşılaştığınız da en hafif olanını yapmak lazımdır. Devlet reislerine dil uzatmayınız, onların iyilikleri için dua ediniz. Çünkü onların iyiliği sizin iyiliğinize vesile olur. Şunu iyi biliniz ki, sizin bana en sevgiliniz; dünya ehline alâkası en az olanınız, başkasına yük olmayanınız, fıkıh ve hadîsle meşgûl olanınızdır."

Süleymâniye'nin meşhur âlimlerinden bazısı, Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretlerini, aklî ve naklî ilimlerin en zor ve ince meseleleri ile mağlub etmek istediler ise de, kendileri yenildiler. Yanlarında cahil gibi kaldılar. Çâresiz kalıp, Irak'ın her bakımdan en büyük alimi olan ve hüccet-ül-islâm denen Şeyh Yahyâ Mazûrî İmâdî'ye mektup yazıp; "Süleymâniye âlimleri tarafından, din ve dünya ilimlerinin allamesi, Müslümanlar'ın hücceti, efendimiz, üstâdımız Yahyâ Mazûrî İmâdi Hazretlerinedir. Hak teâlâ Müslümanları uzun hayatınızla bereketlendirsin. Şehrimizde, Hâlid isminde bir zât zuhûr eyledi. Hindistan'a gidip geldikten sonra, vilâyet-i kübrâ ve insanları irşâd davasında bulunyor. Bu zât, din ilimlerini mükemmel bir sûrette tahsîl ettikten sonra, terk eyledi. Yanlış yollara saptı. Bizler onu ilimde yenemedik. Büyüğümüz sizsiniz! Bu tarafa gelip, yanlışlığın ve zararlarını def edip, onu yenmeniz, üzerinize vâcibdir. Gelmeyecek olursanız, bu fikirleri bütün insanlara ve diğer şehirlere yayılacaktır" dediler.

Bu mektup, Şeyh Yahyâ'nın eline geçince, bâzı talebesi ile birlikte, Süleymaniye yolunu tuttu. Şehre yaklaşınca, bütün âlimler, karşılamağa çıkıp, eline yüz sürüp, herbiri kendi evine davet ettiyse de, kabûl etmedi ve; "Bu saatte o zâtla görüşmem lazımdır" deyip, Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi'nin hanekâhına gitti. O devlethâneye girince, Mevlânâ Hâlid Hazretleri kalkıp kapıda karşıladı ve müsâfeha ettikten sonra, yanlarına oturttu. Şeyh Yahyâ'nın kalbinde, bir takım ince ve zor meseleler vardı. Bunları sorup imtihan edecekti. Daha ağzını açmadan, Hazret-i Mevlânâ, Şeyh'e hitâben; "Din ilimlerinde çok müşkil meseleler vardır. İşte biri şudur ve cevabı budur, diğeri şudur, cevabı budur" buyurup, Şeyh'in kalbindeki bütün suâlleri ve cevaplarını söyledi. Şeyh Yahyâ bu mübarek zâtın evliyânın büyüklerinden olduğunu anladı. Tövbe edip talebelerinden oldu. İftirâcılar bunu duyunca perişan oldular. Mevlânâ Hazretleri, Şeyh Yahyâ'yı çok severdi.

Bir gün Mevlânâ Hâlid-i Bağdâdi Hazretleri, Şeyh İsmâil Gazzî'ye buyurdular ki: "Bütün kitaplarımı vakfettim." O esnâda içeriye Şeyh Muhammed Nâsih Efendi girdi ve; "Efendim Seyyid Hüseyin Efendi ve beraberinde bazı âlim zatlar, size tâziyeye geldiler" dedi. Daha sonra onları karşılayıp, oturmalarını müsâade ettiler. Oğlu Abdurrahmân için tâziyelerini kabûl etti. Ziyâretçiler gidince, Şeyh İsmâil Efendi de izin alıp ayrılmak istedi. Mevlânâ Hazretleri; "Bugün burada kalınız" buyurdu. Sonra da; "İnsanların; 'Mevlânâ Hâlid kerâmet izhar ediyor' demelerinden korkmasaydım, bütün arkadaş ve dostlarımla vedâlaşırdım. Bu Cumâ gecesi gideceğimizi zannediyorum" buyurdu. Daha sonra kendisine yemek getirildiğinde; "Bu ve bundan başka yemeklerden yiyemeyeceğim, ölümü isteyen hem de yemek yiyen hiç bir kimse gördünüz mü?" buyurdu. Uzun bir müddet dünya yemeklerinden yemedi. Sonra; "Dünya yemeklerine doymuş olduğum halde, Rabb'ime kavuşmayı arzu etmem" diyerek, evlâdı ile şakalaşan bir baba gibi, ayaklarını evin içinde yere vurdu. Bundan önce böyle bir hâl kendilerinden görülmemişti. Sonra kitapların bulunduğu yere gitti. Emânet aldığı kitapları sâhiplerine göndermeye başladı. Çoluk-çocuğuna teker teker nasîhat ve vasiyet ederek vedâlaştıktan sonra; "Biz bu Cuma gidiyoruz" buyurdu. Sonra mescide vardı. İkinci namazını kıldıktan sonra, medresenin olduğu tarafa yöneldi.