Hz. Mâsume, Musa b. Hazrec'in evinde on yedi gün kaldı, Rebiussani ayının onunda, 201 Hicrî Kamerî yılında Kum şehrinde vefat etti.

Bu nakle göre Hz. Mâsume, vefat ederken doğumundan yirmi yedi yıl dört ay ve on gün geçmişti. 

Hz. Mâsume'nin yukarıda ifade edildiği tarihte yani Hicrî 201'de vefat ettiğini yazan kaynaklar çoktur:
Tarih-i Kadim-i Kum, s. 213,
Bihâru'l-Envâr, c. 48, s. 290,
Ayanu'ş-Şia, c. 8, s. 291, Riyâhanu'ş-Şeria, c. 5, s. 32,
Envâru'l-Muşa'şain, c. 1, s. 208,
Müntaha'l-Amal, c. 2, s. 242,
Merâgidu'l-Muarif, c. 2, s. 163,
Dairetu'l-Maarif-i Şia, Seyid Hasan Emin, c. 3, s. 231,
Gencine-i Danişmendan, c. 1, s. 14,

Bazı kaynaklara göre 10 Rebiülahir, bazılarına göre 12 Rebiülahir, bazılarına göre ise 8 Şaban'da vefat etmiştir. 

Yukarıda belirtilen kaynaklara göre Hz. Mâsume vefat ettiğinde yirmi sekiz yaşlarındaydı. Halk arasında yaygın olarak bilinen on sekiz veya yirmi üç yaşlarında vefat ettiği haberi sağlam bir kaynağa dayanmamaktadır.

Hz. Mâsume, İmam Rıza'nın şehâdetinden yaklaşık iki yıl önce vefat etti. Bu durum İmam için ikinci bir musibet kabul edildi. Kız kardeşi kendisine ulaşmak için uzun yollar kat etmiş, büyük musibetlere uğramış ve ardından vefat etmişti. Bu durum İmam Rıza'yı derinden yaraladı.

Hz. Fâtıme-i Mâsume (a.s.) vefat ettiğinde O'nu gusledip, kefenlediler ve sonra Kum'da bulunan Babilan adlı mezarlığa defnettiler.

Nakle göre, kimin Hz. Mâsume'nin pak naaşını mezara indireceği hususunda Saad ailesi arasında ihtilaf meydana gelmiş ve sonunda hepsi Kadir isimli sâlih bir yaşlının bu görevi üstlenmesi hususunda ittifak etmişlerdir.

Bu şahsın gelip cenazeyi defnetmesi için ardısıra adam gönderdiklerinde, aniden çölün kumluk tarafından yüzü örtülü iki süvarinin süratle geldiği görülmüştür.

Bu iki süvari, Hz. Mâsume'nin cenazesinin yanına gelip atlarından indiler; cenaze namazını kıldılar, sonra Hz. Mâsume'nin cenazesini toprağa verdiler ve daha sonra çıkıp gittiler ve bunların kim olduğunu kimse anlayamadı.

Musa b. Hazrec, kabrin üzerine hasırdan bir gölgelik dikti, daha sonraları dokuzuncu İmam Hz. Muhammed Takî'nin (a.s.) kızı Hz. Zeyneb, Kum'a geldi ve o mutahhar mezarın üzerine bir kubbe yaptırdı. 

Hz. Mâsume'nin yanına defnedilenler

Bir müddet sonra İmam Cevad'ın torunu Ümmü Muhammed vefat ettiğinde cenazesi Hz. Mâsume'nin mezarının kenarına defnedildi. Bir süre sonra da Ümmü Muhammed'in kız kardeşi Meymune vefat etti. Onun da cenazesi Hz. Mâsume'nin mezarının yanında toprağa verildi.

Daha sonraları İmam Cevad'ın oğlu Musa'nın kızı Bureyhiye de vefat etti. Onu da aynı yere defnettiler. 

Tanınmış muhaddis Kummî, bu hanımların dışında başka hanımların da Hz. Mâsume'nin yanına defnedildiklerini yazar.

İmam Cevad'ın kızı Zeyneb, Muhammed b. Musa Mubarka'nın cariyesi Ümmü İshak ve Muhammed b. Ahmed b. Musa Mubarka'nın cariyesi Ümmü Habib bunlardan bazılarıdır. 

On bir asır sonra çürümeyen bedenler

Hüseyin Müctehid der ki: "Hz. Mâsume'nin haremi mermer taşlarıyla döşenirken mezarının ayak ucundan kuyuya doğru bir delik açıldı. Kuyunun tamire ihtiyacı olabilir düşüncesiyle birkaç kişinin kontrol amacıyla kuyuya inmesi kararlaştırıldı.

Bu görevi yerine getirmek amacıyla iki sâlih ve imanlı hanımefendi belirlendi. Hanımlar yanlarına ışık alarak kuyuya indiler.

Hz. Mâsume'nin mezarının o kuyuda olmadığını gördüler. Kuyu, O'nun mezarının ayak ucundaydı.

Ve içinde adeta yeni hayata veda etmiş üç pak naaş vardı.

Bunlardan biri beyaz tenli bir hanımefendi, diğer ikisi de siyah tenli cariyeler idi." 

Bu olay Hicrî 1300 yıllarında yaşanmıştır. Yani ölümlerinin üzerinden on bir asır geçmesine rağmen mübarek bedenleri hiç değişmemişti.

Bu hadise, Hz. Resûl'ün şu hadisinin ispatıdır: "Allah Bizim etimizi yeryüzüne haram kılmıştır. Yer aslı Bizim etimizi yemez." (Prof. Dr. Haydar Baş Hz. Zeynep ve Hz. Masume eserinden)