Muhammed Pârisâ rüyasında ona buyurdu ki: "Tasavvuf yolunda ilerlemek en iyi ahlâk ile ahlâklanmaktır. Bu büyük nîmet ve saâdet ele geçince, bu yolda elde edilecek fayda, elde edilmiş demektir." Muhammed Bâki-billah, başlangıçta ilk istifâdesini şöyle anlatmıştır: "İlk defa günahlardan tövbe, Hâce Übeyd Hazretlerinin huzurunda oldu. Benim için Fatiha okumasını istedim. Sonra Semerkand'da bulunan ve Ahmed Yesevî'nin yolunda olan İftihâr-ı Şeyh'e talebe olmak arzusu ile tekrar tövbe ettim. Her ne kadar "Siz gençsiniz, siz bu işe katlanamazsınız" dediyse de, arzumun çokluğunu görünce; "Bir Fâtiha okuyalım. Allah-ü Teala istikâmet versin, büyüklerin maksadına uygun azîmet nasib eylesin, kalbinde büyük değişmeler ve nefsinde haraplıklar ve düzelmeler vâki olsun" dedi. Bir başka zaman Emir Abdullah Belhî'nin huzurunda tövbemi yeniledim. Elimi müsâfehaya yakın bir şekilde tuttu. Ümîd edilir ki, bunun bereketi kıyâmete kadar devâm eder."
Bundan sonra bir müddet daha dolaştım. Nihâyet rüyada, Behâeddîn Buhârî Nakşibend Hazretlerinin huzûrunda tam bir tövbe yaptım. Bundan sonra bende tasavvuf yoluna girmek arzusu âşikâr oldu. Bu yola girmek için her çâreye başvurdum. Nihayet mübârek zâtlardan biri bana; "Peygamber Efendimizden gelen zikir, neticeye kavuşturur" dedi. Bütün gayretimle bu sözü söyleyen zâttan zikri ve murâkabeyi almak için uğraştım. İki sene o zâtın silsilesindeki zikre, murâkabeye ve tesbihlere devam ettim... Her ne kadar bu sırada gizli işâretler, diğer bir yola girmeyi gösterdiyse de, ayaklarımı yerden kaldıramadım. Böylece nefsi yenip gönül bahçeme, Allah-ü Teâlâ'nın izni ile büyüklerin kerem tohumunu ektim. İnşâallah o tohumu, ikrâm ve ihsân edip, gözlerin görmediği, kulakların işitmediği nehirlerle beslerler. Bundan sonra Keşmîr'e gittim ve Bâbâ Vâli'nin sohbetine devâm edip, bereketli nazar ve teveccühlerine kavuştum. Cenâb-ı Hakk'a hamd ve senâlar olsun ki, teveccühler ile kabûl kapısı aralandı. Onun vefatından sonra da velilerin ruhlarından feyz aldım.
Muhammed Bâki-billah Hazretleri, Mâverâünnehr şehirlerinden birine giderken, Mevlânâ Hâcegî İmkenegî Hazretleri; "Ey oğul, senin yolunu gözlüyordum!" buyurmasıyla, onun huzuruna kavuşup, çok yardım ve ihsanlar gördü. Hocası onun yüksek hallerini dinledikten sonra, üç gün üç gece onunla birlikte yalnız bir odada sohbet etti. Hâcegî İmkenegî Hazretlerinin sohbetlerinde bulunmakla ve Behâdedîn Nakşibend'in ve halifelerinin yüksek rûhaniyetlerinin imdâdı ile, bu büyükler silsilesine dahil olup, Hâcegi İmkenegî'nin halifesi olup makâmına geçti."
Hâcegi İmkenegî Hazretleri, Muhammed Bâki-billah'ı kısa zamanda tasavvufta yetiştirip, yüksek derecelere kavuşturduktan sonra ona şöyle buyurdu: "Sizin işiniz, Allah-ü Teala'nın yardımı ve bu yolun büyüklerinin ruhlarının terbiyesi ile tamam oldu. Tekrar Hindistan'a gidiniz. Çünkü bu silsile-i aliyenin sizin sayenizde parlayacağını görüyorum. Bereket ve terbiyenizle orada, sizden çok istifade edip, büyük işler yapanlar gelecek." Böylece ikinci bin yılın müceddidi İmâm-ı Rabbâni Hazretlerinin orada yetişeceğini müjdeliyordu.