Mazhar-ı Can-ı Canan hazretleri, şehid olarak vefat etti. Vefatından birkaç gün önce, bu fani dünyadan gitme zamanının geldiği ve Allahü teâlâya kavuşacağı için bambaşka bir aşk ve şevk içindeydi. O günlerde ibadet ve taatlarını daha da artırmıştı. Bir taraftan da talebeleri ve sevenleri akın akın sohbetine geliyorlardı. Sohbetleri ve murakabeleri büyük bir huzur hali içinde geçiyordu. Sohbetleri sırasında huzurunda toplananlar yüz kişiden ziyade olur, bereketlere ve feyzlere kavuşurlardı. Vefatının yaklaştığı günlerde talebelerinden Molla Nesim, memleketine gidip dönmek üzere izin istediğinde, bu talebesine; "Artık seninle bir daha görüşeceğimiz malum değildir" buyurdu. Bu sözleriyle vefat edeceğine işaret etmişti. Bunu işiten talebeleri ağlaşmaya başlayıp gözyaşlarını tutamadılar. Yine vefatının yaklaştığı günlerde talebelerinden Molla Abdürrezzak'a yazdığı bir mektupta; "Ömrüm seksen yaşını geçti. Ecelim yaklaştı. Bize hayır duada bulun" diye yazmıştı. Bu sıralarda talebelerinden diğerlerine yazdığı mektuplarında da aynı şekilde işaret etmiştir.Yine vefatının yaklaştığı günlerde kavuştuğu nimetleri dile getirerek ve şükrederek şöyle buyurdu: "Kalbimden her ne geçtiyse ve her ne nimete kavuşmak istediysem, Allahü teâlâ onları bana ihsan etti. Beni İslam-ı hakiki ile şereflendirdi ve çok ilim ihsan etti. Salih amel üzere istikamet verdi. Büyüklerin tasavvuf yolunda bildirdiği şeylerin hepsini verip keşf, tasarruf ve keramet ihsan etti. Beni dünyaya düşkün olmaktan ve dünyaya düşkün olanlardan da uzak eyledi. Ancak Allahü teâlâya yaklaşmakta, yüksek derece olan şehitlik derecesine kavuşamadım. Hocalarımın, mürşidlerimin çoğu şehitlik şerbetini içmekle şereflendiler. Şu anda ben yaşlandım, vücudum zayıf düştü. Cihad edecek ve böylece şehitliğe kavuşacak gücüm, takatim kalmadı. Ölümü sevmeyen, istemeyenlere şaşılır. Ölüm Allahü teâlâya kavuşmaya sebeptir."Mazhar-ı Can-ı Canan hazretleri böylece, şehitlik derecesine kavuşmayı çok arzu ettiğini dile getirmişti. Ömrünün son günlerini yaşadığı sıralarda huzuruna gelip gidenler iyice artmıştı. 1781 senesinin Muharrem ayının yedisinde Çarşamba gecesi kapısının önünde pek çok kimse toplanmıştı. Bunlar arasından üç kişi ısrarla içeri girmek istiyorlardı. Nihayet izin alıp içeri girdiler. Bunlar Moğol ve Mecusi idiler. Huzuruna girince, Mazhar-ı Can-ı Canan sen misin?" dediler. Mazhar-ı Can-ı Canan hazretleri de; "Evet benim" buyurdu. Meğer bunlar Mazhar-ı Can-ı Canan hazretlerine kastedip, öldürmek üzere gelmişlerdi. İçlerinden biri üzerine hücum edip hançer vurmaya başladı. Vurulan hançer darbesi kalbine yakın bir yere isabet etmiş, ağır yaralanmış ve yere yıkılmıştı. Durumdan haberdar olan Nevvab Necef Han, sabah erkenden frenk bir tabip gönderdi. Tabibe; "Çabuk gidip bu mübarek zatı tedavi et, onu yaralayanlar da yakalanınca kısas yapılsın" dedi. Frenk tabip gidip Mazhar-ı Can-ı Canan hazretlerinin yarasına baktı ve geri dönüp kasden Nevvab Necef Hana; "İyileşip kurtulur, başka tabip göndermeye lüzum yok" dedi. Mazhar-ı Can-ı Canan hazretleri bu yaralı haliyle üç gün daha yaşadı. Yaralarından devamlı kan aktı. Üçüncü gün, Cuma günü idi. Öğle vakti ellerini açıp Fatiha-i şerifi okudu. İkindi vaktinde; "Günün bitmesine kaç saat vardır?" buyurdu. Dört saat vardır dediler. O gün hem Cuma, hem de Aşure günü idi. Akşam olunca üç defa derin nefes aldı ve şehid olarak vefat etti.